Bioinformática de procesos de regulación en bacterias
Número de registros: 7
  • Activos
  • Vencidos
  • Inferencia y comparación de perfiles funcionales metagenómicos de muestras de agua y sedimento marino., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2021 - 2023
  • Estudio de la diversidad y conservación de las proteínas involucradas en la cascada de esporulación en firmicutes: caracterización funcional de la arquitectura alternativa de la proteína spo0b de oceanobacillus iheyensis como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2018 - 2021
  • Procesamiento de información y toma de decisiones en el sistema de esporulación de bacillus subtilis. construcción de un modelo teórico y su caracterización experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2015 - 2018
  • Papel de los factores de transcripción intermodulares en la organización topológica de la red de regulación de bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015
  • Estudio comparativo de la red de regulación transcripcional de bacillus subtilis, como producto de su análisis en distintas condiciones experimentales, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2012 - 2014
  • Generación de modelos de regulación de la transcripción en bacillus subtilis y escherichia coli, análisis comparativo y su corroboración experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010
  • Generación, análisis comparativo y verificación experimental de modelos de regulación transcripcional de las redes de escherichia coli y bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010

Nivel B del PRIDE
Nivel I del SNI
  • Doctorado
  • M.C. Nori Castañeda Gómez

    Evaluación del papel de Spo0B como factor limitante en el procesamiento de información y "toma de decisiones" en el sistema de esporulación de Bacillus subtilis

  • Estancia Temporal
Total de publicaciones: 39
  • Tipo
  • Fecha
Artículo
7 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M. (2021). Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
Open Access Artículo
11 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A. (2020). Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
Open Access Artículo
12 - Carreon-Rodriguez,O.E., Gutierrez-Rios,R.M., Acosta,J.L., Martinez,A., Cevallos,M.A. (2019). Phenotypic and genomic analysis of Zymomonas mobilis ZM4 mutants with enhanced ethanol tolerance. Biotechnology Reports, 23, e00328.
Artículo
13 - Chavez, J. C., Vicens, A., Wrighton, D. C., Andrade-Lopez, K., Beltran, C., Gutierrez, R. M., Lippiat, J. D., Trevino, C. L. (2019). A cytoplasmic Slo3 isoform is expressed in somatic tissues. Molecular Biology Reports, 46 (5), 5561?5567.
Open Access Artículo
18 - Pedraza-Perez, Y., Cuevas-Vede, R.A., Canto-Gomez, A.B., Lopez-Pliego, L., Gutierrez-Rios, R.M., Hernandez-Lucas, I., Rubin-Linares, G., Martinez-Laguna, Y., Lopez-Olguin, J.F., Fuentes-Ramirez, L.E. (2018). BLAST-XYPlot Viewer: A Tool for Performing BLAST in Whole-Genome Sequenced Bacteria/Archaea and Visualize Whole Results Simultaneously. G3: Genes, Genomes, Genetics, 8 (7), 2167-2172.
Open Access Artículo
Artículo
24 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P. (2015). DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses. Journal of Clinical Microbiology, 53 (1), 136-145.
Artículo
26 - Paulin,L.F., Soto-Del Rio,M.D, Sanchez,I., Hernandez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Martinez,I., Wong-Chew,R.M., Parissi-Crivelli,A., Isa,P., Lopez,S., Arias,C.F. (2014). PhyloFlu, a DNA microarray to determine the phylogenetic origin of influenza A gene segments and the genomic fingerprint of viral strains. Journal of Clinical Microbiology, 52 (3), 803-813.
Revisión
34 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M. (2008). The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
Artículo
36 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J. (2005). Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
Artículo
37 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2003). Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles. Genome Research, 13 (11), 2435-2443. *
Artículo
39 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G. (1998). Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model. Biosystems, 47 (1-2), 103-118. *
Open Access memoria in extenso
40 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A. (2021). Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Nacional
41 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Open Access nacional divulgacion
43 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M. (2020). Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
Editorial Material
44 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2002). GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Artículo
46 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M.. Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
Open Access Revisión
Open Access Artículo
Open Access memoria in extenso
49 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A.. Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Libro nacional
Open Access Artículo
Open Access Artículo
52 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A.. Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
Open Access nacional divulgacion
53 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M.. Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
Artículo
66 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P.. DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses. Journal of Clinical Microbiology, 53 (1), 136-145.
Revisión
76 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M.. The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
Nacional
77 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Artículo
79 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J.. Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
Artículo
81 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles. Genome Research, 13 (11), 2435-2443. *
Artículo
Editorial Material
83 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Artículo
84 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G.. Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model. Biosystems, 47 (1-2), 103-118. *