Bioinformática de procesos de regulación en bacterias
Número de registros: 8
  • Activos
  • Vencidos
  • Inferencia y comparación de perfiles funcionales metagenómicos de muestras de agua y sedimento marino., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2021 - 2023
  • Explorando las capacidades metabólicas de microorganismos marinos identificados en muestras ambientales., CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 1900 - 2022
  • Estudio de la diversidad y conservación de las proteínas involucradas en la cascada de esporulación en firmicutes: caracterización funcional de la arquitectura alternativa de la proteína spo0b de oceanobacillus iheyensis como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2018 - 2021
  • Procesamiento de información y toma de decisiones en el sistema de esporulación de bacillus subtilis. construcción de un modelo teórico y su caracterización experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2015 - 2018
  • Papel de los factores de transcripción intermodulares en la organización topológica de la red de regulación de bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015
  • Estudio comparativo de la red de regulación transcripcional de bacillus subtilis, como producto de su análisis en distintas condiciones experimentales, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2012 - 2014
  • Generación de modelos de regulación de la transcripción en bacillus subtilis y escherichia coli, análisis comparativo y su corroboración experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010
  • Generación, análisis comparativo y verificación experimental de modelos de regulación transcripcional de las redes de escherichia coli y bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010

Nivel B del PRIDE
Nivel I del SNI
  • Doctorado
Total de publicaciones: 44
  • Tipo
  • Fecha
Open Access Artículo
10 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico. Viruses, 14 (6), 1165.
Open Access Artículo
11 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico. Microbiology Spectrum, 10 (2), e0224021.
Artículo
12 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M. (2021). Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
Open Access Artículo
16 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A. (2020). Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
Artículo
18 - Chavez, J. C., Vicens, A., Wrighton, D. C., Andrade-Lopez, K., Beltran, C., Gutierrez, R. M., Lippiat, J. D., Trevino, C. L. (2019). A cytoplasmic Slo3 isoform is expressed in somatic tissues. Molecular Biology Reports, 46 (5), 5561?5567.
Open Access Artículo
23 - Pedraza-Perez, Y., Cuevas-Vede, R.A., Canto-Gomez, A.B., Lopez-Pliego, L., Gutierrez-Rios, R.M., Hernandez-Lucas, I., Rubin-Linares, G., Martinez-Laguna, Y., Lopez-Olguin, J.F., Fuentes-Ramirez, L.E. (2018). BLAST-XYPlot Viewer: A Tool for Performing BLAST in Whole-Genome Sequenced Bacteria/Archaea and Visualize Whole Results Simultaneously. G3: Genes, Genomes, Genetics, 8 (7), 2167-2172.
Open Access Artículo
Artículo
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Artículo
31 - Paulin,L.F., Soto-Del Rio,M.D, Sanchez,I., Hernandez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Martinez,I., Wong-Chew,R.M., Parissi-Crivelli,A., Isa,P., Lopez,S., Arias,C.F. (2014). PhyloFlu, a DNA microarray to determine the phylogenetic origin of influenza A gene segments and the genomic fingerprint of viral strains. Journal of Clinical Microbiology, 52 (3), 803-813.
Revisión
39 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M. (2008). The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
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41 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J. (2005). Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
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45 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A. (2021). Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Nacional
46 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Open Access Nacional divulgación
Open Access nacional divulgacion
49 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M. (2020). Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
Editorial Material
50 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2002). GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Open Access Artículo
Open Access Artículo
Open Access Artículo
54 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F.. Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico. Viruses, 14 (6), 1165.
Open Access Artículo
55 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F.. The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico. Microbiology Spectrum, 10 (2), e0224021.
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Artículo
57 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M.. Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
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Open Access Artículo
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60 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A.. Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Libro nacional
Open Access Artículo
Open Access Artículo
63 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A.. Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
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64 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M.. Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
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77 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P.. DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses. Journal of Clinical Microbiology, 53 (1), 136-145.
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87 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M.. The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
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88 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
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90 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J.. Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
Artículo
92 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles. Genome Research, 13 (11), 2435-2443. *
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Editorial Material
94 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Artículo
95 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G.. Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model. Biosystems, 47 (1-2), 103-118. *