Bioinformática aplicada a las ciencias ómicas
Biología de sistemas
Biología sintética
Metagenómica ambiental
Regulación génica en bacterias
Número de registros: 21
  • Activos
  • Vencidos
  • Descubriendo nuevos paradigmas de la regulación genética basada en rnas pequeños y chaperonas de rna en organismos procariontes, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2023 - 2025
  • Plasticidad genómica de aislados clínicos secuenciales del hongo patógeno de humanos candida glabrata: consecuencias para la resistencia a antifúngicos y la capacidad de adhesión, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2021 - 2023
  • Identificación in silico y caracterización molecular de la regulación genética basada en riboswit-ches que actúan in trans (trans-acting riboswitches) o que se transcriben en sentido opuesto al de su gen blanco (antisene-acting riboswitches), CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2020 - 2022
  • Regulación de la expresión genética basada en riboswitch t-box en firmicutes y otras bacterias gram-positivas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2017 - 2020
  • Identificación in silico y caracterización molecular de la regulación genética basada en riboswitches que actúan en trans (trans-acting riboswitches) o que se transcriben es en sentido opuesto al de su gen blanco (antisene-acting riboswitches), DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2020 - 2022
  • Generando nuevos paradigmas dentro de la biología sintética aplicados al estudio de estresomas celulares, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2016 - 2019
  • Desarrollo de un nuevo enfoque computacional para la identificación de sitios de unión de factores transcripcionales bacterianos y su corroboración experimental en miembros de la familia lysr, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2015 - 2018
  • Analisis de genomas y proteomas, PRESUPUESTO UNAM, 2014 - 2020
  • Desarrollo de un nuevo enfoque computacional para la identificación de sitios de unión de factores transcripcionales bacterianos. la familia de regulación lysr como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2014 - 2017
  • Regulación de la expresión genética basada en riboswitches, identificación in silico y su caracterización funcional, molecular y cinética, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015
  • Análisis de la energía de desestabilización y curvatura estática del dna como elementos de la regulación transcripcional en genomas y metagenomas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2011 - 2013
  • Termoriboswitches: moleculas de rna regulatorias responsivas a temperatura, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2009
  • Riboswitches como blancos de nuevos agentes antimicrobianos, FONDO SECTORIAL DE INVESTIGACIÓN EN SALUD Y SEGURIDAD SOCIAL, 2008 - 2011
  • Análisis de la curvatura estática del dna, genomas y metagenomas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010
  • Identificación in silico y caracterización molecular, estructural y cinética de elementos de regulación de la expresión genética basada en riboswitches, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010
  • Análisis de la curvatura estática del dna. 4a. etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2005 - 2007
  • Predicción de redes de regulación mediante genómica comparativa, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2004 - 2006
  • Análisis de la curvatura estática del dna cromosomal. estudio genoma, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2004 - 2005
  • Análisis de la curvatura estática del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma. tercera etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2003 - 2004
  • Análisis de la curvatura estátita del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma. segunda etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2000 - 2002
  • Análisis de la curvatura estátita del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 1998 - 2000

Nivel D del PRIDE
Nivel III del SNII
  • Doctorado, en Biotecnología, Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-IBt-UNAM, 1993

  • Maestría, en Investigacion Biomedica Basica, Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-UNAM (1988)

  • Licenciatura, Ingeniería Civil, Fac. de Ingeniería-UNAM (1982)

  • Doctorado
  • Maestría
  • Licenciatura
  • Estancia Temporal
2 - Estrada Guerra, Karel Johan (2024). Análisis in silico de las secuencias de unión a ribosoma que definen el inicio de la traducción en procariontes. Instituto de Investigacion en Ciencias Basicas y Aplicadas, Doctorado en Ciencias, UAEM. *
3 - Barcelo Antemate, Diana (2023). Efecto del sesgo del contenido de GC genómico de organismos procariotas en las estructuras secundarias de sus proteínas. Instituto de Investigacion en Ciencias Bascias y Aplicadas, Doctorado en Ciencias, UNAM. *
7 - Rodriguez Garcia, Edgar (2019). Identificacion de riboswitches que actuan in cis e in trans en genomas bacterianos . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
11 - Peguero Sanchez, Esteban (2017). Prediccion de sitios de entrada internos al ribosoma en eucariontes . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Bioquimicas, UNAM.
15 - Taboada Ramirez, Blanca Itzelt (2012). Identificacionin silicode operonesen genomas bacterianos basadaen redes neuronales . Doctora en Ciencias (Computacion), UNAM. *
Asesor: Merino Perez, Enrique, Verde Rodarte, Maria Cristina

18 - Avila Magana, Viridiana (2011). Identificacion in silico de nuevos sitios de entrada para el ribosoma en genomas eucariontes . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
19 - Avila Magana, Viridiana (2009). Termoriboswitches : moleculas de RNA regulatorias responsivas a temperatura. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
21 - Rodriguez Escamilla, Zuemy (2007). Diseno y construccion de riboswitches sinteticos. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
22 - Martinez Nunez, Mario Alberto (2007). Subdivision de grupos COGs con presencia de paralogos en subfamilias de proteinas. Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
24 - Abreu Goodger, Cei (2005). Senales conservadas en regiones intergenicas bacterianas : riboswitches y mas alla . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
26 - Jauregui Sandoval, Ruy (2003). Analisis de la curvatura estatica del DNA genomico . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
27 - Cortez Quezada, Diego Claudio (2002). Estudio de las secuencias extragenicas palindromicas repetidas en los genomas procariontes. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
28 - Sampieri Hernandez, Aristides, III (2001). Analisis de la region 5o de regulacion del Gen aprE de basillus subtilis . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias (Bioquimica), UNAM.
30 - Jan Roblero, Janet (2000). Diseno y construccion de cepas de Bacillis subtilis sobreproductoras de proteinas heterologas. Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias (Bioquimica), UNAM.
Total de publicaciones: 104
  • Tipo
  • Fecha
Open Access Artículo
36 - Rivas-Marin,E., Moyano-Palazuelo,D., Henriques,V., Merino,E., Devos,D.P. (2023). Essential gene complement of Planctopirus limnophila from the bacterial phylum Planctomycetes. Nature Communications, 14 (1), 7224.
Artículo
39 - Angel-Lerma,L.E., Merino,E., Kwon,O., Medina-Aparicio,L., Hernandez-Lucas,I., Alvarez,A.F., Georgellis,D. (2021). Protein dosage of the lldPRD operon is correlated with RNase E-dependent mRNA processing. Journal of Bacteriology, 203 (6), e00555-20.
Open Access Artículo
41 - Tenorio-Salgado,S., Castelan-Sanchez,H.G., Davila-Ramos,S., Huerta-Saquero,A., Rodriguez-Morales,S., Merino-Perez,E., Roa de la Fuente LF, Solis-Pereira,S.E., Perez-Rueda,E., Lizama-Uc,G. (2021). Metagenomic analysis and antimicrobial activity of two fermented milk kefir samples. Microbiologyopen, 10 (2), e1183.
Artículo
44 - Soto-Aceves,M.P., Cocotl-Yanez,M., Merino,E., Castillo-Juarez,I., Cortes-Lopez,H., Gonzalez-Pedrajo,B., Diaz-Guerrero,M., Servin-Gonzalez,L., Soberon-Chavez,G. (2019). Inactivation of the quorum-sensing transcriptional regulators LasR or RhlR does not suppress the expression of virulence factors and the virulence of Pseudomonas aeruginosa PAO1. Microbiology, 165 (4), 425-432.
Open Access Artículo
48 - Gutierrez-Preciado, A., Vargas-Chavez, C., Reyes-Prieto, M., Ordonez, O.F., Santos-Garcia, D., Rosas-Perez, T., Valdivia-Anistro, J., Rebollar, E.A., Saralegui, A., Moya, A., Merino, E., Farias, M.E., Latorre, A., Souza, V. (2017). The genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions. PeerJ, 5, e3162.
Revisión
49 - Merino, E., Flores-Encarnacion, M., Aguilar-Gutierrez, G.R. (2017). Functional interaction and structural characteristics of unique components of Helicobacter pylori T4SS. Febs Journal, 284 (21), 3540-3549.
Open Access Artículo
50 - Pannier, L., Merino, E., Marchal, K., Collado-Vides, J. (2017). Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli. PLoS ONE, 12 (4), e0174887.
Open Access Artículo
53 - Zappulo, A., van den, Bruck D., Ciolli, Mattioli C., Franke, V., Imami, K., McShane, E., Moreno-Estelles, M., Calviello, L., Filipchyk, A., Peguero-Sanchez, E., Muller, T., Woehler, A., Birchmeier, C., Merino, E., Rajewsky, N., Ohler, U., Mazzoni, E.O., Selbach, M., Akalin, A., Chekulaeva, M. (2017). RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome. Nature Communications, 8 (1), 583.
Open Access Artículo
54 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y. (2016). Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 7C Isolated from a Mexican Patient with Chronic Gastritis. Genome Announcements, 4 (1).
Open Access Artículo
56 - Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A., Merino,E. (2016). Epigenetics knocks on synthetic biology's Door. Fems Microbiology Letters, 363 (17), fnw191.
Open Access Artículo
57 - Gutierrez-Preciado,A., Torres,A.G., Merino,E., Bonomi,H.R., Goldbaum,F.A., Garcia-Angulo,V.A. (2015). Extensive Identification of Bacterial Riboflavin Transporters and Their Distribution across Bacterial Species. PLoS ONE, 10 (5), e0126124.
Artículo
58 - Moran,J., Ramirez,G., Jimenez,L., Cruz,A., Perez-Patrigeon,S., Hidalgo,A., Orozco,L., Martinez,A., Padilla,L., Avila-Moreno,F., Cabello,C., Granados,J., Ortiz-Quintero,B., Ramirez-Venegas,A., Ruiz-Palacios,G.M., Zlotnik,A., Merino,E., Zuniga,J. (2015). Circulating levels of miR-150 are associated with poorer outcomes of A/H1N1 infection. Experimental and Molecular Pathology, 99 (2), 253-261.
Artículo
60 - Grosso-Becerra,M.V., Croda-Garcia,G., Merino,E., Servin-Gonzalez,L., Mojica-Espinosa,R., Soberon-Chavez,G. (2014). Regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence factors by two novel RNA thermometers. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111 (43), 15562-15567.
Open Access Artículo
64 - Taboada,B., Ciria,R., Martinez-Guerrero,C.E., Merino,E. (2012). ProOpDB: Prokaryotic Operon DataBase. Nucleic Acids Research, 40 (1), D627-D631.
Open Access Artículo
66 - Taboada,B., Verde,C., Merino,E. (2010). High accuracy operon prediction method based on STRING database scores. Nucleic Acids Research, 3812 (E130).
Revisión
68 - Gutierrez-Preciado,A., Henkin,T.M., Grundy,F.J., Yanofsky,C., Merino,E. (2009). Biochemical Features and Functional Implications of the RNA-Based T-Box Regulatory Mechanism. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 73 (1), 36-61.
Artículo
69 - Qu,Y., Brown,P., Barbe,J.F., Puljic,M., Merino,E., Adkins,R.M., Lovley,D.R., Krushkal,J. (2009). GSEL version 2, an online genome-wide query system of operon organization and regulatory sequence elements of Geobacter sulfurreducens. OMICS, 13 (5), 439-449.
Open Access Artículo
71 - Arreola,R., Vega-Miranda,A., Gomez-Puyou,A., Perez-Montfort,R., Merino-Perez,E., Torres-Larios,A. (2008). Expression, purification and preliminary X-ray diffraction studies of the transcriptional factor PyrR from Bacillus halodurans. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 64 (Pt 8), 692-696.
Open Access Artículo
73 - Gama-Castro,S., Jimenez-Jacinto,V., Peralta-Gil,M., Santos-Zavaleta,A., Penaloza-Spinola,M.I., Contreras-Moreira,B., Segura-Salazar,J., Muniz-Rascado,L., Martinez-Flores,I., Salgado,H., Bonavides-Martinez,C., Abreu-Goodger,C., Rodriguez-Penagos,C., Miranda-Rios,J., Morett,E., Merino,E., Huerta,A.M., Trevino-Quintanilla,L., Collado-Vides,J. (2008). RegulonDB (version 6.0): gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation. Nucleic Acids Research, 36 (Database issue), D120-D124.
Open Access Artículo
74 - Martinez-Guerrero,C.E., Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Moreno-Hagelsieb,G., Merino,E. (2008). GeConT 2: gene context analysis for orthologous proteins, conserved domains and metabolic pathways. Nucleic Acids Research, 36 (Web Server issue) ((Web Server issue)), W176-W180.
Revisión
75 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C. (2008). Evolution of bacterial trp operons and their regulation. Current Opinion in Microbiology, 11 (2), 78-86.
Open Access Artículo; Actas Paper
79 - Abreu-Goodger,C., Merino,E. (2006). Identification of bacteria riboswitches through comparative genomics. Revista Latinoamericana de Microbiologia, 48 (2), 143-145.
Open Access Artículo
Artículo
82 - Gutierrez-Preciado,A., Jensen,R.A., Yanofsky,C., Merino,E. (2005). New insights into regulation of the tryptophan biosynthetic operon in Gram-positive bacteria. Trends in Genetics, 21 (8), 432-436.
Artículo
83 - Merino,E., Yanofsky,C. (2005). Transcription attenuation: a highly conserved regulatory strategy used by bacteria. Trends in Genetics, 21 (5), 260-264.
Artículo
85 - Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Morett,E., Merino,E. (2004). GeConT: gene context analysis. Bioinformatics, 20 (14), 2307-2308.
Artículo
86 - Corona,M., Coronas,F.V., Merino,E., Becerril,B., Gutierrez,R., Rebolledo-Antunez,S., Garcia,D.E., Possani,L.D. (2003). A novel class of peptide found in scorpion venom with neurodepressant effects in peripheral and central nervous system of the rat. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics, 1649 (1), 58-67.
Open Access Artículo
Artículo
Artículo
Artículo
96 - Sarsero,J.P., Merino,E., Yanofsky,C. (2000). A Bacillus subtilis operon containing genes of unknown function senses tRNATrp charging and regulates expression of the genes of tryptophan biosynthesis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 97 (6), 2656-2661.
Artículo
97 - Jauregui,R., O'Reilly,F., Bolivar,F., Merino,E. (1998). Relationship between codon usage and sequence-dependent curvature of genomes. Microbial & comparative genomics, 3 (4), 243-253.
Artículo
98 - Sanchez-Lopez,R., Gama-Castro,S., Ramos,M.A., Merino,E., Lizardi,P.M., Alagon,A. (1998). Cloning and expression of the Entamoeba histolytica ERD2 gene. Molecular and Biochemical Parasitology, 92 (2), 355-359.
Open Access Artículo
Artículo
102 - Ramirez,O.T., Zamora,R., Espinosa,G., Merino,E., Bolivar,F., Quintero,R. (1994). Kinetic study of penicillin acylase production by recombinant E. Coli in batch cultures. Process Biochemistry, 29 (3), 197-206.
Open Access Artículo
103 - FLORES,N., Valle,F., Bolivar,F., Merino,E. (1992). Recovery of DNA from agarose gels stained with methylene blue. Biotechniques, 13 (2), 203-205.
Open Access Artículo
104 - Merino,E., Osuna,J., Bolivar,F., Soberon,X. (1992). A general, PCR-based method for single or combinatorial oligonucleotide-directed mutagenesis on pUC/M13 vectors. Biotechniques, 12 (4), 508-510.
Artículo
105 - Merino,E., Balbas,P., Aarons,S.R., Recillas,F., Becerril,B., Valle,F., Bolivar,F. (1992). Carbon regulation and the role in nature of the Escherichia coli penicillin acylase (pac) gene. Molecular Microbiology, 6 (15), 2175-2182.
Artículo
106 - Merino,E., Balbas,P., Bolivar,F. (1991). New insights on the comma-less theory. Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 21 (4), 251-254.
Revisión
107 - Valle,F., Balbas,P., Merino,E., Bolivar,F. (1991). The role of penicillin amidases in nature and in industry. Trends in Biochemical Sciences, 16 (1), 36-40.
Artículo
108 - Gosset,G., Merino,E., Recillas,F., Oliver,G., Becerril,B., Bolivar,F. (1989). Amino acid sequence analysis of the glutamate synthase enzyme from Escherichia coli K-12. Protein sequences & data analysis, 2 (1), 9-16.
Internacional
113 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C. (2013). trp Operon Organization and Regulation in Different Bacterial Species. Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition). 208-212, San Diego.
Memoria in extenso
114 - Ciuffo,L.N., Alves,L., Alves de Melo,A.C., Aparicio,G., Arce,P., Blanquer,I., Burbano,D.A., Carrion,A., Castro,H., Hernandez,V., Hurtado,J.M., Isea,R., Lagares,J.I., Lopez-Fenner,J., Mayo,R., Merino,E., Montes,E., Nogales-Cadenas,I., Oliviera,I., Pascual-Montano,A., Perez,M.A., Pezoa,R., Roa,J.C., Romero,F., Rubio-Montero,J.A., Salinas,L., Tirado,F., Verleyen,J., Vicente-Molina,C., Walter,W.E. (2009). Biomedical applications in the EELA-2 project. NETTAB 2009 Ninth Annual Workshop Network Tools and Applications in Biology, 10-12 June 2009, Catania, Italy. Liberodescrivere, 35-38.
Internacional
115 - Gutierrez-Preciado,A., Peimbert,M., Merino,E. (2009). Genome Sequence Databases: Types of Data and Bioinformatic Tools. Encyclopedia of Microbiology. 211-236, 3a, Oxford.
Memoria in extenso
Nacional
117 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Nacional
118 - Merino,E. (2004). Las matematicas en la genomica molecular. Las matematicas y su entorno. 67-88, Mexico.
Internacional
119 - Devos,D, Merino,E., Pazos,F, Valencia,A. (2003). Multiple Sequence Alignment Information in Structure and Function Prediction. Artificial intelligence and heuristic methods in bioinformatics. NATO Science Series. Series III, Computer and systems sciences, 1387-6694 ; v. 183, 83-94, Amsterdam.
Internacional
120 - Morett,E., Saab-Rincon,G., Merino,E., Bork,P., Rajan,E., Olvera,L., Olvera,M. (2003). High rate of gene displacement in vitamin biosynthesis pathways. Bioinformatics and genomes: current perspectives. 69-79, Norfolk,U.K..
Internacional
121 - Merino,E., Yanofsky,C. (2002). Regulation by termination-antitermination: a genomic approach. Bacillus subtilis and Its Closest Relatives: from Genes to Cells . 323-326, Washington.
Internacional
122 - Possani,L.D., Merino,E., Corona,M., Becerril,B. (2002). Scorpion genes and peptides specific for potassium channels: Structure, function and evolution. Perspectives in Molecular Toxinology. 201-214.
Internacional
123 - Babitsky,P, Gollnick,P, Merino,E., Yanofsky,C. (2001). Aromatic amino acid metabolism in Bacillus Subtilis. Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 233-244, New York.
Open Access Nacional
127 - Morales,N., Merino,E. (2020). Riboswitches: sensores e interruptores bacterianos. BioTecnologia. Sociedad Mexicana de Biotecnologia y Bioingenieria, 24 (2), 8-28.
Open Access Divulgación
128 - Peguero-Sanchez,E., Pardo-Lopez,L., Merino-Perez,E. (2016). Descifrando el lenguaje de la vida. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 4, 3-4.
Divulgacion nacional
129 - Burlak,G., Martinez-Guerrero, C.E., Merino-Perez, E. (2013). Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases. Programacion Matematica y Software, 5 (2), 1-5.
Open Access Divulgación
130 - Merino,E. (2003). Analisis de secuencias en la era genomica. Revista de la Universidad Nacional Autónoma de M?xico, 629, 15-23.
Divulgación
131 - Merino,E. (2003). Análisis de secuencias en la era genómica. Una mirada hacia el pasado. Revista Universidad de Mexico, 629.
Editorial Material
Artículo
145 - Angel-Lerma,L.E., Merino,E., Kwon,O., Medina-Aparicio,L., Hernandez-Lucas,I., Alvarez,A.F., Georgellis,D.. Protein dosage of the lldPRD operon is correlated with RNase E-dependent mRNA processing. Journal of Bacteriology, 203 (6), e00555-20.
Artículo
Open Access Artículo
147 - Tenorio-Salgado,S., Castelan-Sanchez,H.G., Davila-Ramos,S., Huerta-Saquero,A., Rodriguez-Morales,S., Merino-Perez,E., Roa de la Fuente LF, Solis-Pereira,S.E., Perez-Rueda,E., Lizama-Uc,G.. Metagenomic analysis and antimicrobial activity of two fermented milk kefir samples. Microbiologyopen, 10 (2), e1183.
Libro nacional
Open Access Artículo
Artículo
152 - Soto-Aceves,M.P., Cocotl-Yanez,M., Merino,E., Castillo-Juarez,I., Cortes-Lopez,H., Gonzalez-Pedrajo,B., Diaz-Guerrero,M., Servin-Gonzalez,L., Soberon-Chavez,G.. Inactivation of the quorum-sensing transcriptional regulators LasR or RhlR does not suppress the expression of virulence factors and the virulence of Pseudomonas aeruginosa PAO1. Microbiology, 165 (4), 425-432.
Open Access Artículo
156 - Gutierrez-Preciado, A., Vargas-Chavez, C., Reyes-Prieto, M., Ordonez, O.F., Santos-Garcia, D., Rosas-Perez, T., Valdivia-Anistro, J., Rebollar, E.A., Saralegui, A., Moya, A., Merino, E., Farias, M.E., Latorre, A., Souza, V.. The genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions. PeerJ, 5, e3162.
Revisión
157 - Merino, E., Flores-Encarnacion, M., Aguilar-Gutierrez, G.R.. Functional interaction and structural characteristics of unique components of Helicobacter pylori T4SS. Febs Journal, 284 (21), 3540-3549.
Open Access Artículo
158 - Pannier, L., Merino, E., Marchal, K., Collado-Vides, J.. Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli. PLoS ONE, 12 (4), e0174887.
Artículo
Open Access Artículo
Open Access Artículo
161 - Zappulo, A., van den, Bruck D., Ciolli, Mattioli C., Franke, V., Imami, K., McShane, E., Moreno-Estelles, M., Calviello, L., Filipchyk, A., Peguero-Sanchez, E., Muller, T., Woehler, A., Birchmeier, C., Merino, E., Rajewsky, N., Ohler, U., Mazzoni, E.O., Selbach, M., Akalin, A., Chekulaeva, M.. RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome. Nature Communications, 8 (1), 583.
Open Access Artículo
162 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y.. Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 7C Isolated from a Mexican Patient with Chronic Gastritis. Genome Announcements, 4 (1).
Open Access Artículo
Open Access Artículo
164 - Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A., Merino,E.. Epigenetics knocks on synthetic biology's Door. Fems Microbiology Letters, 363 (17), fnw191.
Open Access Divulgación
165 - Peguero-Sanchez,E., Pardo-Lopez,L., Merino-Perez,E.. Descifrando el lenguaje de la vida. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 4, 3-4.
Open Access Artículo
166 - Gutierrez-Preciado,A., Torres,A.G., Merino,E., Bonomi,H.R., Goldbaum,F.A., Garcia-Angulo,V.A.. Extensive Identification of Bacterial Riboflavin Transporters and Their Distribution across Bacterial Species. PLoS ONE, 10 (5), e0126124.
Artículo
167 - Moran,J., Ramirez,G., Jimenez,L., Cruz,A., Perez-Patrigeon,S., Hidalgo,A., Orozco,L., Martinez,A., Padilla,L., Avila-Moreno,F., Cabello,C., Granados,J., Ortiz-Quintero,B., Ramirez-Venegas,A., Ruiz-Palacios,G.M., Zlotnik,A., Merino,E., Zuniga,J.. Circulating levels of miR-150 are associated with poorer outcomes of A/H1N1 infection. Experimental and Molecular Pathology, 99 (2), 253-261.
Open Access Artículo
Artículo
169 - Grosso-Becerra,M.V., Croda-Garcia,G., Merino,E., Servin-Gonzalez,L., Mojica-Espinosa,R., Soberon-Chavez,G.. Regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence factors by two novel RNA thermometers. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111 (43), 15562-15567.
Artículo
Open Access Artículo
Internacional
172 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C.. trp Operon Organization and Regulation in Different Bacterial Species. Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition). 208-212, San Diego.
Divulgacion nacional
173 - Burlak,G., Martinez-Guerrero, C.E., Merino-Perez, E.. Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases. Programacion Matematica y Software, 5 (2), 1-5.
Artículo
Revisión
179 - Gutierrez-Preciado,A., Henkin,T.M., Grundy,F.J., Yanofsky,C., Merino,E.. Biochemical Features and Functional Implications of the RNA-Based T-Box Regulatory Mechanism. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 73 (1), 36-61.
Artículo
180 - Qu,Y., Brown,P., Barbe,J.F., Puljic,M., Merino,E., Adkins,R.M., Lovley,D.R., Krushkal,J.. GSEL version 2, an online genome-wide query system of operon organization and regulatory sequence elements of Geobacter sulfurreducens. OMICS, 13 (5), 439-449.
Open Access Artículo
Memoria in extenso
182 - Ciuffo,L.N., Alves,L., Alves de Melo,A.C., Aparicio,G., Arce,P., Blanquer,I., Burbano,D.A., Carrion,A., Castro,H., Hernandez,V., Hurtado,J.M., Isea,R., Lagares,J.I., Lopez-Fenner,J., Mayo,R., Merino,E., Montes,E., Nogales-Cadenas,I., Oliviera,I., Pascual-Montano,A., Perez,M.A., Pezoa,R., Roa,J.C., Romero,F., Rubio-Montero,J.A., Salinas,L., Tirado,F., Verleyen,J., Vicente-Molina,C., Walter,W.E.. Biomedical applications in the EELA-2 project. NETTAB 2009 Ninth Annual Workshop Network Tools and Applications in Biology, 10-12 June 2009, Catania, Italy. Liberodescrivere, 35-38.
Internacional
Memoria in extenso
Open Access Artículo
185 - Arreola,R., Vega-Miranda,A., Gomez-Puyou,A., Perez-Montfort,R., Merino-Perez,E., Torres-Larios,A.. Expression, purification and preliminary X-ray diffraction studies of the transcriptional factor PyrR from Bacillus halodurans. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 64 (Pt 8), 692-696.
Artículo
Open Access Artículo
187 - Gama-Castro,S., Jimenez-Jacinto,V., Peralta-Gil,M., Santos-Zavaleta,A., Penaloza-Spinola,M.I., Contreras-Moreira,B., Segura-Salazar,J., Muniz-Rascado,L., Martinez-Flores,I., Salgado,H., Bonavides-Martinez,C., Abreu-Goodger,C., Rodriguez-Penagos,C., Miranda-Rios,J., Morett,E., Merino,E., Huerta,A.M., Trevino-Quintanilla,L., Collado-Vides,J.. RegulonDB (version 6.0): gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation. Nucleic Acids Research, 36 (Database issue), D120-D124.
Open Access Artículo
188 - Martinez-Guerrero,C.E., Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Moreno-Hagelsieb,G., Merino,E.. GeConT 2: gene context analysis for orthologous proteins, conserved domains and metabolic pathways. Nucleic Acids Research, 36 (Web Server issue) ((Web Server issue)), W176-W180.
Revisión
189 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C.. Evolution of bacterial trp operons and their regulation. Current Opinion in Microbiology, 11 (2), 78-86.
Artículo
Nacional
191 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Open Access Artículo
Artículo
Artículo
198 - Merino,E., Yanofsky,C.. Transcription attenuation: a highly conserved regulatory strategy used by bacteria. Trends in Genetics, 21 (5), 260-264.
Artículo
Artículo
200 - Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Morett,E., Merino,E.. GeConT: gene context analysis. Bioinformatics, 20 (14), 2307-2308.
Nacional
201 - Merino,E.. Las matematicas en la genomica molecular. Las matematicas y su entorno. 67-88, Mexico.
Artículo
202 - Corona,M., Coronas,F.V., Merino,E., Becerril,B., Gutierrez,R., Rebolledo-Antunez,S., Garcia,D.E., Possani,L.D.. A novel class of peptide found in scorpion venom with neurodepressant effects in peripheral and central nervous system of the rat. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics, 1649 (1), 58-67.
Open Access Artículo
Internacional
204 - Devos,D, Merino,E., Pazos,F, Valencia,A.. Multiple Sequence Alignment Information in Structure and Function Prediction. Artificial intelligence and heuristic methods in bioinformatics. NATO Science Series. Series III, Computer and systems sciences, 1387-6694 ; v. 183, 83-94, Amsterdam.
Internacional
205 - Morett,E., Saab-Rincon,G., Merino,E., Bork,P., Rajan,E., Olvera,L., Olvera,M.. High rate of gene displacement in vitamin biosynthesis pathways. Bioinformatics and genomes: current perspectives. 69-79, Norfolk,U.K..
Open Access Divulgación
206 - Merino,E.. Analisis de secuencias en la era genomica. Revista de la Universidad Nacional Autónoma de M?xico, 629, 15-23.
Divulgación
Editorial Material
Artículo
Internacional
210 - Merino,E., Yanofsky,C.. Regulation by termination-antitermination: a genomic approach. Bacillus subtilis and Its Closest Relatives: from Genes to Cells . 323-326, Washington.
Internacional
211 - Possani,L.D., Merino,E., Corona,M., Becerril,B.. Scorpion genes and peptides specific for potassium channels: Structure, function and evolution. Perspectives in Molecular Toxinology. 201-214.
Artículo
Artículo
Internacional
214 - Babitsky,P, Gollnick,P, Merino,E., Yanofsky,C.. Aromatic amino acid metabolism in Bacillus Subtilis. Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 233-244, New York.
Artículo
221 - Jauregui,R., O'Reilly,F., Bolivar,F., Merino,E.. Relationship between codon usage and sequence-dependent curvature of genomes. Microbial & comparative genomics, 3 (4), 243-253.
Artículo
222 - Sanchez-Lopez,R., Gama-Castro,S., Ramos,M.A., Merino,E., Lizardi,P.M., Alagon,A.. Cloning and expression of the Entamoeba histolytica ERD2 gene. Molecular and Biochemical Parasitology, 92 (2), 355-359.
Open Access Artículo
227 - FLORES,N., Valle,F., Bolivar,F., Merino,E.. Recovery of DNA from agarose gels stained with methylene blue. Biotechniques, 13 (2), 203-205.
Open Access Artículo
228 - Merino,E., Osuna,J., Bolivar,F., Soberon,X.. A general, PCR-based method for single or combinatorial oligonucleotide-directed mutagenesis on pUC/M13 vectors. Biotechniques, 12 (4), 508-510.
Artículo
Artículo
231 - Merino,E., Balbas,P., Bolivar,F.. New insights on the comma-less theory. Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 21 (4), 251-254.
Revisión
232 - Valle,F., Balbas,P., Merino,E., Bolivar,F.. The role of penicillin amidases in nature and in industry. Trends in Biochemical Sciences, 16 (1), 36-40.
Artículo
233 - Gosset,G., Merino,E., Recillas,F., Oliver,G., Becerril,B., Bolivar,F.. Amino acid sequence analysis of the glutamate synthase enzyme from Escherichia coli K-12. Protein sequences & data analysis, 2 (1), 9-16.
Note
235 - Merino Perez, Enrique. Estudio de las secuencias palindromicas repetidas extragenicas (REP) en el genoma procarionte . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Investigacion Biomedica Basica, UNAM.