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Bioinformática aplicada a las ciencias ómicas
Biología de sistemas
Biología sintética
Metagenómica ambiental
Regulación génica en bacterias

Proyectos

Número de registros: 21
  • Activos
  • Vencidos

2023

  • Descubriendo nuevos paradigmas de la regulación genética basada en rnas pequeños y chaperonas de rna en organismos procariontes, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2023 - 2025

2021

  • Plasticidad genómica de aislados clínicos secuenciales del hongo patógeno de humanos candida glabrata: consecuencias para la resistencia a antifúngicos y la capacidad de adhesión, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2021 - 2023

2017

  • Regulación de la expresión genética basada en riboswitch t-box en firmicutes y otras bacterias gram-positivas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2017 - 2020

2020

  • Identificación in silico y caracterización molecular de la regulación genética basada en riboswit-ches que actúan in trans (trans-acting riboswitches) o que se transcriben en sentido opuesto al de su gen blanco (antisene-acting riboswitches), CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2020 - 2022
  • Identificación in silico y caracterización molecular de la regulación genética basada en riboswitches que actúan en trans (trans-acting riboswitches) o que se transcriben es en sentido opuesto al de su gen blanco (antisene-acting riboswitches), DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2020 - 2022

2016

  • Generando nuevos paradigmas dentro de la biología sintética aplicados al estudio de estresomas celulares, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2016 - 2019

2015

  • Desarrollo de un nuevo enfoque computacional para la identificación de sitios de unión de factores transcripcionales bacterianos y su corroboración experimental en miembros de la familia lysr, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2015 - 2018

2014

  • Analisis de genomas y proteomas, PRESUPUESTO UNAM, 2014 - 2020
  • Desarrollo de un nuevo enfoque computacional para la identificación de sitios de unión de factores transcripcionales bacterianos. la familia de regulación lysr como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2014 - 2017

2012

  • Regulación de la expresión genética basada en riboswitches, identificación in silico y su caracterización funcional, molecular y cinética, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015

2011

  • Análisis de la energía de desestabilización y curvatura estática del dna como elementos de la regulación transcripcional en genomas y metagenomas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2011 - 2013

2009

  • Termoriboswitches: moleculas de rna regulatorias responsivas a temperatura, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2009

2008

  • Riboswitches como blancos de nuevos agentes antimicrobianos, FONDO SECTORIAL DE INVESTIGACIÓN EN SALUD Y SEGURIDAD SOCIAL, 2008 - 2011
  • Análisis de la curvatura estática del dna, genomas y metagenomas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010

2007

  • Identificación in silico y caracterización molecular, estructural y cinética de elementos de regulación de la expresión genética basada en riboswitches, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010

2005

  • Análisis de la curvatura estática del dna. 4a. etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2005 - 2007

2004

  • Predicción de redes de regulación mediante genómica comparativa, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2004 - 2006
  • Análisis de la curvatura estática del dna cromosomal. estudio genoma, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2004 - 2005

2003

  • Análisis de la curvatura estática del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma. tercera etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2003 - 2004

2000

  • Análisis de la curvatura estátita del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma. segunda etapa., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2000 - 2002

1998

  • Análisis de la curvatura estátita del dna cromosomal. estudio evolutivo y posible función en el genoma, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 1998 - 2000

Logros Obtenidos

Nivel III del SNII

Grado Académico

  • Doctorado, en Biotecnología, Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-IBt-UNAM, 1993

  • Maestría, en Investigacion Biomedica Basica, Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-UNAM (1988)

  • Licenciatura, Ingeniería Civil, Fac. de Ingeniería-UNAM (1982)

Estudiantes

  • Doctorado
  • Licenciatura
2 - Estrada Guerra, Karel Johan (2024). Análisis in silico de las secuencias de unión a ribosoma que definen el inicio de la traducción en procariontes. Instituto de Investigacion en Ciencias Basicas y Aplicadas, Doctorado en Ciencias, UAEM. *
4 - Almanza Rodríguez, Guillermo (2024). Caracterización del loop de especificidad de Riboswitches de T-box en organismos Firmicutes mediante análisis bioinformáticos y su correlación con la frecuencia de ocupación de codones. Licenciatura en Ingeniería Bioquímica, Tecnológico Nacional de México en Celaya. *
5 - Barcelo Antemate, Diana (2023). Efecto del sesgo del contenido de GC genómico de organismos procariotas en las estructuras secundarias de sus proteínas. Instituto de Investigacion en Ciencias Bascias y Aplicadas, Doctorado en Ciencias, UNAM. *
9 - Rodriguez Garcia, Edgar (2019). Identificacion de riboswitches que actuan in cis e in trans en genomas bacterianos . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
13 - Peguero Sanchez, Esteban (2017). Prediccion de sitios de entrada internos al ribosoma en eucariontes . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Bioquimicas, UNAM.
15 - Estrada Guerra, Karel Johan (2017). Identificación in silico de elementos de regulación en secuencias de organismos bacterianos. Instituto de Investigacion en Ciencias Basicas y Aplicadas, Maestría en Ciencias, UAEM. *
17 - Taboada Ramirez, Blanca Itzelt (2012). Identificacionin silicode operonesen genomas bacterianos basadaen redes neuronales . Doctora en Ciencias (Computacion), UNAM. *
Asesor: Merino Perez, Enrique, Verde Rodarte, Maria Cristina
20 - Avila Magana, Viridiana (2011). Identificacion in silico de nuevos sitios de entrada para el ribosoma en genomas eucariontes . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
21 - Avila Magana, Viridiana (2009). Termoriboswitches : moleculas de RNA regulatorias responsivas a temperatura. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
23 - Rodriguez Escamilla, Zuemy (2007). Diseno y construccion de riboswitches sinteticos. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
24 - Martinez Nunez, Mario Alberto (2007). Subdivision de grupos COGs con presencia de paralogos en subfamilias de proteinas. Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
26 - Abreu Goodger, Cei (2005). Senales conservadas en regiones intergenicas bacterianas : riboswitches y mas alla . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
28 - Jauregui Sandoval, Ruy (2003). Analisis de la curvatura estatica del DNA genomico . Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias Bioquimicas, UNAM.
29 - Cortez Quezada, Diego Claudio (2002). Estudio de las secuencias extragenicas palindromicas repetidas en los genomas procariontes. Facultad de Ciencias, Licenciatura en Biología, UNAM. *
30 - Sampieri Hernandez, Aristides, III (2001). Analisis de la region 5o de regulacion del Gen aprE de basillus subtilis . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Ciencias (Bioquimica), UNAM.
32 - Jan Roblero, Janet (2000). Diseno y construccion de cepas de Bacillis subtilis sobreproductoras de proteinas heterologas. Instituto de Biotecnologia, Doctorado en Ciencias (Bioquimica), UNAM.

Publicaciones

* Indica publicación con otra institución de adscripción
Total de publicaciones: 111
  • Tipo
  • Fecha

Artículos

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34 - Morales,N., Merino,E. (2025). Variation in phylogenetic tendencies of contiguous riboswitches. Microbial Genomics, 11 (9), 001496.
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40 - Guillen-Chable,F., Valdez Iuit,J.O., Avila Castro,L.A., Rosas,C., Merino,E., Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A. (2024). Geographical distribution of mobile genetic elements in microbial communities along the Yucatan coast. PLoS ONE, 19 (4), e0301642.
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44 - Rivas-Marin,E., Moyano-Palazuelo,D., Henriques,V., Merino,E., Devos,D.P. (2023). Essential gene complement of Planctopirus limnophila from the bacterial phylum Planctomycetes. Nature Communications, 14 (1), 7224.
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Artículo
47 - Angel-Lerma,L.E., Merino,E., Kwon,O., Medina-Aparicio,L., Hernandez-Lucas,I., Alvarez,A.F., Georgellis,D. (2021). Protein dosage of the lldPRD operon is correlated with RNase E-dependent mRNA processing. Journal of Bacteriology, 203 (6), e00555-20.
Artículo
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49 - Tenorio-Salgado,S., Castelan-Sanchez,H.G., Davila-Ramos,S., Huerta-Saquero,A., Rodriguez-Morales,S., Merino-Perez,E., Roa de la Fuente LF, Solis-Pereira,S.E., Perez-Rueda,E., Lizama-Uc,G. (2021). Metagenomic analysis and antimicrobial activity of two fermented milk kefir samples. Microbiologyopen, 10 (2), e1183.
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Artículo
52 - Soto-Aceves,M.P., Cocotl-Yanez,M., Merino,E., Castillo-Juarez,I., Cortes-Lopez,H., Gonzalez-Pedrajo,B., Diaz-Guerrero,M., Servin-Gonzalez,L., Soberon-Chavez,G. (2019). Inactivation of the quorum-sensing transcriptional regulators LasR or RhlR does not suppress the expression of virulence factors and the virulence of Pseudomonas aeruginosa PAO1. Microbiology, 165 (4), 425-432.
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56 - Gutierrez-Preciado, A., Vargas-Chavez, C., Reyes-Prieto, M., Ordonez, O.F., Santos-Garcia, D., Rosas-Perez, T., Valdivia-Anistro, J., Rebollar, E.A., Saralegui, A., Moya, A., Merino, E., Farias, M.E., Latorre, A., Souza, V. (2017). The genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions. PeerJ, 5, e3162.
Revisión
57 - Merino, E., Flores-Encarnacion, M., Aguilar-Gutierrez, G.R. (2017). Functional interaction and structural characteristics of unique components of Helicobacter pylori T4SS. Febs Journal, 284 (21), 3540-3549.
Open Access Artículo
58 - Pannier, L., Merino, E., Marchal, K., Collado-Vides, J. (2017). Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli. PLoS ONE, 12 (4), e0174887.
Artículo
59 - Rodriguez-Mejia, J.L., Roldan-Salgado, A., Osuna, J., Merino, E., Gaytan, P. (2017). A Codon Deletion at the Beginning of Green Fluorescent Protein Genes Enhances Protein Expression. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 27 (1), 1-10.
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61 - Zappulo, A., van den, Bruck D., Ciolli, Mattioli C., Franke, V., Imami, K., McShane, E., Moreno-Estelles, M., Calviello, L., Filipchyk, A., Peguero-Sanchez, E., Muller, T., Woehler, A., Birchmeier, C., Merino, E., Rajewsky, N., Ohler, U., Mazzoni, E.O., Selbach, M., Akalin, A., Chekulaeva, M. (2017). RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome. Nature Communications, 8 (1), 583.
Open Access Artículo
62 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y. (2016). Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 7C Isolated from a Mexican Patient with Chronic Gastritis. Genome Announcements, 4 (1).
Artículo
63 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y. (2016). Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 29CaP Isolated from a Mexican Patient with Gastric Cancer. Genome Announcements, 4 (1).
Open Access Artículo
Open Access Artículo
65 - Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A., Merino,E. (2016). Epigenetics knocks on synthetic biology's Door. Fems Microbiology Letters, 363 (17), fnw191.
Artículo
66 - Camacho,M.I., Alvarez,A.F., Gonzalez-Chavez,R.G., Romeo,T., Merino,E., Georgellis,D. (2015). Effects of the global regulator CsrA on the BarA/UvrY two-component signaling system. Journal of Bacteriology, 197 (5), 983-991.
Open Access Artículo
67 - Gutierrez-Preciado,A., Torres,A.G., Merino,E., Bonomi,H.R., Goldbaum,F.A., Garcia-Angulo,V.A. (2015). Extensive Identification of Bacterial Riboflavin Transporters and Their Distribution across Bacterial Species. PLoS ONE, 10 (5), e0126124.
Artículo
68 - Moran,J., Ramirez,G., Jimenez,L., Cruz,A., Perez-Patrigeon,S., Hidalgo,A., Orozco,L., Martinez,A., Padilla,L., Avila-Moreno,F., Cabello,C., Granados,J., Ortiz-Quintero,B., Ramirez-Venegas,A., Ruiz-Palacios,G.M., Zlotnik,A., Merino,E., Zuniga,J. (2015). Circulating levels of miR-150 are associated with poorer outcomes of A/H1N1 infection. Experimental and Molecular Pathology, 99 (2), 253-261.
Open Access Artículo
Artículo
70 - Grosso-Becerra,M.V., Croda-Garcia,G., Merino,E., Servin-Gonzalez,L., Mojica-Espinosa,R., Soberon-Chavez,G. (2014). Regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence factors by two novel RNA thermometers. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111 (43), 15562-15567.
Open Access Artículo
Open Access Artículo
Artículo
Open Access Artículo
74 - Taboada,B., Ciria,R., Martinez-Guerrero,C.E., Merino,E. (2012). ProOpDB: Prokaryotic Operon DataBase. Nucleic Acids Research, 40 (1), D627-D631.
Revisión
Open Access Artículo
76 - Taboada,B., Verde,C., Merino,E. (2010). High accuracy operon prediction method based on STRING database scores. Nucleic Acids Research, 3812 (E130).
Artículo
Revisión
78 - Gutierrez-Preciado,A., Henkin,T.M., Grundy,F.J., Yanofsky,C., Merino,E. (2009). Biochemical Features and Functional Implications of the RNA-Based T-Box Regulatory Mechanism. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 73 (1), 36-61.
Artículo
79 - Qu,Y., Brown,P., Barbe,J.F., Puljic,M., Merino,E., Adkins,R.M., Lovley,D.R., Krushkal,J. (2009). GSEL version 2, an online genome-wide query system of operon organization and regulatory sequence elements of Geobacter sulfurreducens. OMICS, 13 (5), 439-449.
Open Access Artículo
Open Access Artículo
81 - Arreola,R., Vega-Miranda,A., Gomez-Puyou,A., Perez-Montfort,R., Merino-Perez,E., Torres-Larios,A. (2008). Expression, purification and preliminary X-ray diffraction studies of the transcriptional factor PyrR from Bacillus halodurans. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 64 (Pt 8), 692-696.
Artículo
Open Access Artículo
83 - Gama-Castro,S., Jimenez-Jacinto,V., Peralta-Gil,M., Santos-Zavaleta,A., Penaloza-Spinola,M.I., Contreras-Moreira,B., Segura-Salazar,J., Muniz-Rascado,L., Martinez-Flores,I., Salgado,H., Bonavides-Martinez,C., Abreu-Goodger,C., Rodriguez-Penagos,C., Miranda-Rios,J., Morett,E., Merino,E., Huerta,A.M., Trevino-Quintanilla,L., Collado-Vides,J. (2008). RegulonDB (version 6.0): gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation. Nucleic Acids Research, 36 (Database issue), D120-D124.
Open Access Artículo
84 - Martinez-Guerrero,C.E., Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Moreno-Hagelsieb,G., Merino,E. (2008). GeConT 2: gene context analysis for orthologous proteins, conserved domains and metabolic pathways. Nucleic Acids Research, 36 (Web Server issue) ((Web Server issue)), W176-W180.
Revisión
85 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C. (2008). Evolution of bacterial trp operons and their regulation. Current Opinion in Microbiology, 11 (2), 78-86.
Artículo
Artículo
Artículo
Open Access Artículo
89 - Abreu-Goodger,C., Merino,E. (2006). Identification of bacteria riboswitches through comparative genomics. Revista Latinoamericana de Microbiologia, 48 (2), 143-145.
Artículo
Open Access Artículo
Artículo
92 - Gutierrez-Preciado,A., Jensen,R.A., Yanofsky,C., Merino,E. (2005). New insights into regulation of the tryptophan biosynthetic operon in Gram-positive bacteria. Trends in Genetics, 21 (8), 432-436.
Artículo
93 - Merino,E., Yanofsky,C. (2005). Transcription attenuation: a highly conserved regulatory strategy used by bacteria. Trends in Genetics, 21 (5), 260-264.
Artículo
Artículo
95 - Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Morett,E., Merino,E. (2004). GeConT: gene context analysis. Bioinformatics, 20 (14), 2307-2308.
Artículo
96 - Corona,M., Coronas,F.V., Merino,E., Becerril,B., Gutierrez,R., Rebolledo-Antunez,S., Garcia,D.E., Possani,L.D. (2003). A novel class of peptide found in scorpion venom with neurodepressant effects in peripheral and central nervous system of the rat. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics, 1649 (1), 58-67.
Open Access Artículo
Artículo
Artículo
Artículo
Open Access Artículo
Artículo
Open Access Artículo
Artículo
Open Access Artículo
Artículo
106 - Sarsero,J.P., Merino,E., Yanofsky,C. (2000). A Bacillus subtilis operon containing genes of unknown function senses tRNATrp charging and regulates expression of the genes of tryptophan biosynthesis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 97 (6), 2656-2661.
Artículo
107 - Jauregui,R., O'Reilly,F., Bolivar,F., Merino,E. (1998). Relationship between codon usage and sequence-dependent curvature of genomes. Microbial & comparative genomics, 3 (4), 243-253.
Artículo
108 - Sanchez-Lopez,R., Gama-Castro,S., Ramos,M.A., Merino,E., Lizardi,P.M., Alagon,A. (1998). Cloning and expression of the Entamoeba histolytica ERD2 gene. Molecular and Biochemical Parasitology, 92 (2), 355-359.
Open Access Artículo
Artículo
Open Access Artículo
Artículo
112 - Ramirez,O.T., Zamora,R., Espinosa,G., Merino,E., Bolivar,F., Quintero,R. (1994). Kinetic study of penicillin acylase production by recombinant E. Coli in batch cultures. Process Biochemistry, 29 (3), 197-206.
Open Access Artículo
113 - FLORES,N., Valle,F., Bolivar,F., Merino,E. (1992). Recovery of DNA from agarose gels stained with methylene blue. Biotechniques, 13 (2), 203-205.
Open Access Artículo
114 - Merino,E., Osuna,J., Bolivar,F., Soberon,X. (1992). A general, PCR-based method for single or combinatorial oligonucleotide-directed mutagenesis on pUC/M13 vectors. Biotechniques, 12 (4), 508-510.
Artículo
115 - Merino,E., Balbas,P., Aarons,S.R., Recillas,F., Becerril,B., Valle,F., Bolivar,F. (1992). Carbon regulation and the role in nature of the Escherichia coli penicillin acylase (pac) gene. Molecular Microbiology, 6 (15), 2175-2182.
Artículo
116 - Merino,E., Balbas,P., Bolivar,F. (1991). New insights on the comma-less theory. Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 21 (4), 251-254.
Revisión
117 - Valle,F., Balbas,P., Merino,E., Bolivar,F. (1991). The role of penicillin amidases in nature and in industry. Trends in Biochemical Sciences, 16 (1), 36-40.
Artículo
118 - Gosset,G., Merino,E., Recillas,F., Oliver,G., Becerril,B., Bolivar,F. (1989). Amino acid sequence analysis of the glutamate synthase enzyme from Escherichia coli K-12. Protein sequences & data analysis, 2 (1), 9-16.
Note
Note
Artículo
Artículo

Capítulos

Internacional
123 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C. (2013). trp Operon Organization and Regulation in Different Bacterial Species. Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition). 208-212, San Diego.
Memoria in extenso
124 - Ciuffo,L.N., Alves,L., Alves de Melo,A.C., Aparicio,G., Arce,P., Blanquer,I., Burbano,D.A., Carrion,A., Castro,H., Hernandez,V., Hurtado,J.M., Isea,R., Lagares,J.I., Lopez-Fenner,J., Mayo,R., Merino,E., Montes,E., Nogales-Cadenas,I., Oliviera,I., Pascual-Montano,A., Perez,M.A., Pezoa,R., Roa,J.C., Romero,F., Rubio-Montero,J.A., Salinas,L., Tirado,F., Verleyen,J., Vicente-Molina,C., Walter,W.E. (2009). Biomedical applications in the EELA-2 project. NETTAB 2009 Ninth Annual Workshop Network Tools and Applications in Biology, 10-12 June 2009, Catania, Italy. Liberodescrivere, 35-38.
Internacional
125 - Gutierrez-Preciado,A., Peimbert,M., Merino,E. (2009). Genome Sequence Databases: Types of Data and Bioinformatic Tools. Encyclopedia of Microbiology. 211-236, 3a, Oxford.
Memoria in extenso
Nacional
127 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Nacional
128 - Merino,E. (2004). Las matematicas en la genomica molecular. Las matematicas y su entorno. 67-88, Mexico.
Internacional
129 - Devos,D, Merino,E., Pazos,F, Valencia,A. (2003). Multiple Sequence Alignment Information in Structure and Function Prediction. Artificial intelligence and heuristic methods in bioinformatics. NATO Science Series. Series III, Computer and systems sciences, 1387-6694 ; v. 183, 83-94, Amsterdam.
Internacional
130 - Morett,E., Saab-Rincon,G., Merino,E., Bork,P., Rajan,E., Olvera,L., Olvera,M. (2003). High rate of gene displacement in vitamin biosynthesis pathways. Bioinformatics and genomes: current perspectives. 69-79, Norfolk,U.K..
Internacional
131 - Merino,E., Yanofsky,C. (2002). Regulation by termination-antitermination: a genomic approach. Bacillus subtilis and Its Closest Relatives: from Genes to Cells . 323-326, Washington.
Internacional
132 - Possani,L.D., Merino,E., Corona,M., Becerril,B. (2002). Scorpion genes and peptides specific for potassium channels: Structure, function and evolution. Perspectives in Molecular Toxinology. 201-214.
Internacional
133 - Babitsky,P, Gollnick,P, Merino,E., Yanofsky,C. (2001). Aromatic amino acid metabolism in Bacillus Subtilis. Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 233-244, New York.

Otras publicaciones

Open Access Nacional
Preprint
Open Access Nacional
137 - Morales,N., Merino,E. (2020). Riboswitches: sensores e interruptores bacterianos. BioTecnologia. Sociedad Mexicana de Biotecnologia y Bioingenieria, 24 (2), 8-28.
Open Access Divulgación
138 - Peguero-Sanchez,E., Pardo-Lopez,L., Merino-Perez,E. (2016). Descifrando el lenguaje de la vida. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 4, 3-4.
Divulgacion nacional
139 - Burlak,G., Martinez-Guerrero, C.E., Merino-Perez, E. (2013). Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases. Programacion Matematica y Software, 5 (2), 1-5.
Open Access Divulgación
140 - Merino,E. (2003). Análisis de secuencias en la era genómica. Revista de la Universidad Nacional Autónoma de México, 629, 15-23.
Editorial Material

2024

Open Access Artículo
Open Access Artículo
Artículo
Open Access Artículo
151 - Guillen-Chable,F., Valdez Iuit,J.O., Avila Castro,L.A., Rosas,C., Merino,E., Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A.. Geographical distribution of mobile genetic elements in microbial communities along the Yucatan coast. PLoS ONE, 19 (4), e0301642.
Open Access Artículo
Open Access Nacional

2021

Artículo
160 - Angel-Lerma,L.E., Merino,E., Kwon,O., Medina-Aparicio,L., Hernandez-Lucas,I., Alvarez,A.F., Georgellis,D.. Protein dosage of the lldPRD operon is correlated with RNase E-dependent mRNA processing. Journal of Bacteriology, 203 (6), e00555-20.
Artículo
Open Access Artículo
162 - Tenorio-Salgado,S., Castelan-Sanchez,H.G., Davila-Ramos,S., Huerta-Saquero,A., Rodriguez-Morales,S., Merino-Perez,E., Roa de la Fuente LF, Solis-Pereira,S.E., Perez-Rueda,E., Lizama-Uc,G.. Metagenomic analysis and antimicrobial activity of two fermented milk kefir samples. Microbiologyopen, 10 (2), e1183.
Libro nacional

2019

Open Access Artículo
Artículo
167 - Soto-Aceves,M.P., Cocotl-Yanez,M., Merino,E., Castillo-Juarez,I., Cortes-Lopez,H., Gonzalez-Pedrajo,B., Diaz-Guerrero,M., Servin-Gonzalez,L., Soberon-Chavez,G.. Inactivation of the quorum-sensing transcriptional regulators LasR or RhlR does not suppress the expression of virulence factors and the virulence of Pseudomonas aeruginosa PAO1. Microbiology, 165 (4), 425-432.

2017

Open Access Artículo
171 - Gutierrez-Preciado, A., Vargas-Chavez, C., Reyes-Prieto, M., Ordonez, O.F., Santos-Garcia, D., Rosas-Perez, T., Valdivia-Anistro, J., Rebollar, E.A., Saralegui, A., Moya, A., Merino, E., Farias, M.E., Latorre, A., Souza, V.. The genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions. PeerJ, 5, e3162.
Revisión
172 - Merino, E., Flores-Encarnacion, M., Aguilar-Gutierrez, G.R.. Functional interaction and structural characteristics of unique components of Helicobacter pylori T4SS. Febs Journal, 284 (21), 3540-3549.
Open Access Artículo
173 - Pannier, L., Merino, E., Marchal, K., Collado-Vides, J.. Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli. PLoS ONE, 12 (4), e0174887.
Artículo
174 - Rodriguez-Mejia, J.L., Roldan-Salgado, A., Osuna, J., Merino, E., Gaytan, P.. A Codon Deletion at the Beginning of Green Fluorescent Protein Genes Enhances Protein Expression. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 27 (1), 1-10.
Open Access Artículo
Open Access Artículo
176 - Zappulo, A., van den, Bruck D., Ciolli, Mattioli C., Franke, V., Imami, K., McShane, E., Moreno-Estelles, M., Calviello, L., Filipchyk, A., Peguero-Sanchez, E., Muller, T., Woehler, A., Birchmeier, C., Merino, E., Rajewsky, N., Ohler, U., Mazzoni, E.O., Selbach, M., Akalin, A., Chekulaeva, M.. RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome. Nature Communications, 8 (1), 583.

2016

Open Access Artículo
177 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y.. Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 7C Isolated from a Mexican Patient with Chronic Gastritis. Genome Announcements, 4 (1).
Artículo
178 - Mucito-Varela,E., Castillo-Rojas,G., Cevallos,M.A., Lozano,L., Merino,E., Lopez-Leal,G., Lopez-Vidal,Y.. Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain 29CaP Isolated from a Mexican Patient with Gastric Cancer. Genome Announcements, 4 (1).
Open Access Artículo
Open Access Artículo
180 - Rodriguez-Escamilla,Z., Martinez-Nunez,M.A., Merino,E.. Epigenetics knocks on synthetic biology's Door. Fems Microbiology Letters, 363 (17), fnw191.
Open Access Divulgación
181 - Peguero-Sanchez,E., Pardo-Lopez,L., Merino-Perez,E.. Descifrando el lenguaje de la vida. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 4, 3-4.

2015

Artículo
182 - Camacho,M.I., Alvarez,A.F., Gonzalez-Chavez,R.G., Romeo,T., Merino,E., Georgellis,D.. Effects of the global regulator CsrA on the BarA/UvrY two-component signaling system. Journal of Bacteriology, 197 (5), 983-991.
Open Access Artículo
183 - Gutierrez-Preciado,A., Torres,A.G., Merino,E., Bonomi,H.R., Goldbaum,F.A., Garcia-Angulo,V.A.. Extensive Identification of Bacterial Riboflavin Transporters and Their Distribution across Bacterial Species. PLoS ONE, 10 (5), e0126124.
Artículo
184 - Moran,J., Ramirez,G., Jimenez,L., Cruz,A., Perez-Patrigeon,S., Hidalgo,A., Orozco,L., Martinez,A., Padilla,L., Avila-Moreno,F., Cabello,C., Granados,J., Ortiz-Quintero,B., Ramirez-Venegas,A., Ruiz-Palacios,G.M., Zlotnik,A., Merino,E., Zuniga,J.. Circulating levels of miR-150 are associated with poorer outcomes of A/H1N1 infection. Experimental and Molecular Pathology, 99 (2), 253-261.
Open Access Artículo

2014

Artículo
186 - Grosso-Becerra,M.V., Croda-Garcia,G., Merino,E., Servin-Gonzalez,L., Mojica-Espinosa,R., Soberon-Chavez,G.. Regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence factors by two novel RNA thermometers. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111 (43), 15562-15567.

2013

Open Access Artículo
Open Access Artículo
Internacional
189 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C.. trp Operon Organization and Regulation in Different Bacterial Species. Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition). 208-212, San Diego.
Divulgacion nacional
190 - Burlak,G., Martinez-Guerrero, C.E., Merino-Perez, E.. Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases. Programacion Matematica y Software, 5 (2), 1-5.

2009

Artículo
Revisión
196 - Gutierrez-Preciado,A., Henkin,T.M., Grundy,F.J., Yanofsky,C., Merino,E.. Biochemical Features and Functional Implications of the RNA-Based T-Box Regulatory Mechanism. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 73 (1), 36-61.
Artículo
197 - Qu,Y., Brown,P., Barbe,J.F., Puljic,M., Merino,E., Adkins,R.M., Lovley,D.R., Krushkal,J.. GSEL version 2, an online genome-wide query system of operon organization and regulatory sequence elements of Geobacter sulfurreducens. OMICS, 13 (5), 439-449.
Open Access Artículo
Memoria in extenso
199 - Ciuffo,L.N., Alves,L., Alves de Melo,A.C., Aparicio,G., Arce,P., Blanquer,I., Burbano,D.A., Carrion,A., Castro,H., Hernandez,V., Hurtado,J.M., Isea,R., Lagares,J.I., Lopez-Fenner,J., Mayo,R., Merino,E., Montes,E., Nogales-Cadenas,I., Oliviera,I., Pascual-Montano,A., Perez,M.A., Pezoa,R., Roa,J.C., Romero,F., Rubio-Montero,J.A., Salinas,L., Tirado,F., Verleyen,J., Vicente-Molina,C., Walter,W.E.. Biomedical applications in the EELA-2 project. NETTAB 2009 Ninth Annual Workshop Network Tools and Applications in Biology, 10-12 June 2009, Catania, Italy. Liberodescrivere, 35-38.
Internacional
Memoria in extenso

2008

Open Access Artículo
202 - Arreola,R., Vega-Miranda,A., Gomez-Puyou,A., Perez-Montfort,R., Merino-Perez,E., Torres-Larios,A.. Expression, purification and preliminary X-ray diffraction studies of the transcriptional factor PyrR from Bacillus halodurans. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 64 (Pt 8), 692-696.
Artículo
Open Access Artículo
204 - Gama-Castro,S., Jimenez-Jacinto,V., Peralta-Gil,M., Santos-Zavaleta,A., Penaloza-Spinola,M.I., Contreras-Moreira,B., Segura-Salazar,J., Muniz-Rascado,L., Martinez-Flores,I., Salgado,H., Bonavides-Martinez,C., Abreu-Goodger,C., Rodriguez-Penagos,C., Miranda-Rios,J., Morett,E., Merino,E., Huerta,A.M., Trevino-Quintanilla,L., Collado-Vides,J.. RegulonDB (version 6.0): gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation. Nucleic Acids Research, 36 (Database issue), D120-D124.
Open Access Artículo
205 - Martinez-Guerrero,C.E., Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Moreno-Hagelsieb,G., Merino,E.. GeConT 2: gene context analysis for orthologous proteins, conserved domains and metabolic pathways. Nucleic Acids Research, 36 (Web Server issue) ((Web Server issue)), W176-W180.
Revisión
206 - Merino,E., Jensen,R.A., Yanofsky,C.. Evolution of bacterial trp operons and their regulation. Current Opinion in Microbiology, 11 (2), 78-86.
Artículo
Nacional
208 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..

2005

Open Access Artículo
Artículo
Artículo
215 - Merino,E., Yanofsky,C.. Transcription attenuation: a highly conserved regulatory strategy used by bacteria. Trends in Genetics, 21 (5), 260-264.

2004

Artículo
Artículo
217 - Ciria,R., Abreu-Goodger,C., Morett,E., Merino,E.. GeConT: gene context analysis. Bioinformatics, 20 (14), 2307-2308.
Nacional
218 - Merino,E.. Las matematicas en la genomica molecular. Las matematicas y su entorno. 67-88, Mexico.

2003

Artículo
219 - Corona,M., Coronas,F.V., Merino,E., Becerril,B., Gutierrez,R., Rebolledo-Antunez,S., Garcia,D.E., Possani,L.D.. A novel class of peptide found in scorpion venom with neurodepressant effects in peripheral and central nervous system of the rat. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics, 1649 (1), 58-67.
Open Access Artículo
Internacional
221 - Devos,D, Merino,E., Pazos,F, Valencia,A.. Multiple Sequence Alignment Information in Structure and Function Prediction. Artificial intelligence and heuristic methods in bioinformatics. NATO Science Series. Series III, Computer and systems sciences, 1387-6694 ; v. 183, 83-94, Amsterdam.
Internacional
222 - Morett,E., Saab-Rincon,G., Merino,E., Bork,P., Rajan,E., Olvera,L., Olvera,M.. High rate of gene displacement in vitamin biosynthesis pathways. Bioinformatics and genomes: current perspectives. 69-79, Norfolk,U.K..
Open Access Divulgación
223 - Merino,E.. Análisis de secuencias en la era genómica. Revista de la Universidad Nacional Autónoma de México, 629, 15-23.
Editorial Material

2002

Artículo
Internacional
226 - Merino,E., Yanofsky,C.. Regulation by termination-antitermination: a genomic approach. Bacillus subtilis and Its Closest Relatives: from Genes to Cells . 323-326, Washington.
Internacional
227 - Possani,L.D., Merino,E., Corona,M., Becerril,B.. Scorpion genes and peptides specific for potassium channels: Structure, function and evolution. Perspectives in Molecular Toxinology. 201-214.

2001

Artículo
Artículo
Internacional
230 - Babitsky,P, Gollnick,P, Merino,E., Yanofsky,C.. Aromatic amino acid metabolism in Bacillus Subtilis. Bacillus subtilis and its closest relatives: from genes to cells. 233-244, New York.

1998

Artículo
237 - Jauregui,R., O'Reilly,F., Bolivar,F., Merino,E.. Relationship between codon usage and sequence-dependent curvature of genomes. Microbial & comparative genomics, 3 (4), 243-253.
Artículo
238 - Sanchez-Lopez,R., Gama-Castro,S., Ramos,M.A., Merino,E., Lizardi,P.M., Alagon,A.. Cloning and expression of the Entamoeba histolytica ERD2 gene. Molecular and Biochemical Parasitology, 92 (2), 355-359.

1992

Open Access Artículo
243 - FLORES,N., Valle,F., Bolivar,F., Merino,E.. Recovery of DNA from agarose gels stained with methylene blue. Biotechniques, 13 (2), 203-205.
Open Access Artículo
244 - Merino,E., Osuna,J., Bolivar,F., Soberon,X.. A general, PCR-based method for single or combinatorial oligonucleotide-directed mutagenesis on pUC/M13 vectors. Biotechniques, 12 (4), 508-510.
Artículo

1991

Artículo
247 - Merino,E., Balbas,P., Bolivar,F.. New insights on the comma-less theory. Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 21 (4), 251-254.
Revisión
248 - Valle,F., Balbas,P., Merino,E., Bolivar,F.. The role of penicillin amidases in nature and in industry. Trends in Biochemical Sciences, 16 (1), 36-40.

1989

Artículo
249 - Gosset,G., Merino,E., Recillas,F., Oliver,G., Becerril,B., Bolivar,F.. Amino acid sequence analysis of the glutamate synthase enzyme from Escherichia coli K-12. Protein sequences & data analysis, 2 (1), 9-16.
Note

1988

251 - Merino Perez, Enrique. Estudio de las secuencias palindromicas repetidas extragenicas (REP) en el genoma procarionte . Instituto de Biotecnologia, Maestria en Investigacion Biomedica Basica, UNAM.

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