Instituto de Biotecnologia UNAM

Unidad de Síntesis y Secuenciación de Macromoléculas

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La Unidad de Síntesis y Secuenciación de DNA (USSDNA) es responsable del ensamble de oligonucleótidos y de secuenciar, en forma automatizada, muestras de DNA para miembros del Instituto de Biotecnología y en general para cualquier institución pública o privada. En 2009, solicitaron nuestros servicios 15 dependencias de la UNAM, 56 dependencias externas a la UNAM y 12 empresas privadas.
UNAM: Centro de Ciencias Físicas, Centro de Ciencias Genómicas, Centro de Investigación en Ecosistemas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Facultad de Medicina, Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Facultad de Química, Instituto de Biología, Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, Instituto de Ecología, Instituto de Fisiología Celular, Instituto de Investigaciones Biomédicas, Instituto de Neurobiología, Instituto de Química, Unidad Multidisciplinaria de Docencia e Investigación en SISAL, Yucatán EXTERNAS: Centro de Investigaciones Científicas de Yucatán, Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología del Edo. Jalisco, Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Centro Médico Nacional del IMSS, Colegio de Postgraduados, Hospital Infantil de México "Federico Gómez", Instituto de Ciencia y Tecnología del Distrito Federal, Instituto de Oftalmología Conde de Valenciana, Instituto Estatal de Cancerología en Acapulco, Instituto Nacional de Ciencias Médicas y de la Nutrición Salvador Zubirán, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias, Instituto Nacional de Investigaciones Nucleares, Instituto Nacional de Pediatría, Instituto Nacional de Psiquiatría, Instituto Tecnológico de Estudios Superiores Monterrey, Instituto Tecnológico de Mérida, Instituto Tecnológico de Veracruz, Universidad Autónoma de Campeche, Universidad Autónoma de Chapingo, Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, Universidad Autónoma de Coahuila, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Universidad Autónoma de Querétaro, Universidad Autónoma de Tamaulipas, Universidad Juárez del Estado de Durango, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, Universidad Politécnica del Estado de Morelos, Universidad Técnica Particular de Loja, Universidad Veracruzana, Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (Centro de Investigaciones en Ciencias Microbiológicas, Instituto de Fisiología), Instituto Nacional de Investigaciones Forestales , Agrícolas y Pecuarias (Centro Nacional de Servicios de Constatación de Salud Animal, Centro Nacional de Investigaciones Disciplinarias en Microbiología, Centro Nacional de Investigaciones Disciplinarias en Parasitología Veterinaria), Instituto Nacional de Salud Pública (Centro de Investigación Sobre Enfermedades Infecciosas, Centro Regional de Investigación en Salud Pública de Tapachula), Instituto Politécnico Nacional (Centro de Investigación en Biotecnología Aplicada, Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional Unidad Durango, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados : Unidad Zacatenco, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (Centro de Investigación en Biotecnología, Campus Oriente, Facultad de Ciencias, Facultad de Farmacia, Facultad de Medicina), Universidad Autónoma Metropolitana (Unidad Cuajimalpa y Unidad Iztapalapa), Universidad Autónoma de Nuevo León (Facultad de Ciencias Biológicas, Facultad de Química, Facultad de Medicina), Universidad de Colima (Facultad de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, Facultad de Ciencias Químicas, Facultad de Medicina), Universidad de Guadalajara (Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, Instituto de Enfermedades Crónico Degenerativas).
EMPRESAS PRIVADAS: Análisis Ambientales S.A. de C.V., Avimex S.A. de C.V., Biorganik S.A. de C.V., Biokrone S.A. de C.V., Consejo Regulador del Tequila, A.C., Grupo Integral de Servicios Fitosanitarios ENA, Laboratorios Diagnóstica S.A. de C.V., Laboratorio de Biología Molecular Aplicada.
En 2009 se sintetizaron 6989 oligonucleótidos, creciendo la producción 10.6% con respecto a 2008, a pesar de la crisis económica mundial que impactó fuertemente a México. Esta labor requirió el acoplamiento de 179222 nucleótidos a través de tres sintetizadores automatizados de DNA, promediando oligos de 25-26 bases. El 48.6% de la producción total correspondió a instituciones externas. En lo referente al servicio de secuenciación de DNA, en 2009 se secuenciaron 13032 muestras, creciendo el servicio 21.5% con respecto a 2008. 37.4% de las muestras correspondieron a Instituciones externas. En promedio las muestras analizadas permitieron leer 850 bases y el tiempo de respuesta se mantuvo en 2 días. En la parte de investigación metodológica, se sustituyó el acetonitrilo usado universalmente en la síntesis de oligonucleótidos por acetona, la cual es un disolvente más común, seguro, económico y accesible. Esta modificación al protocolo establecido fue estrictamente necesaria porque a inicios de 2009 el suministró mundial de acetonitrilo se desplomó, incrementándose su precio en México hasta 1000%. Este hecho puso en riesgo la producción de oligonucleótidos en México de manera ordinaria, porque implicaba incrementar los precios de los productos finales. Afortunadamente, la acetona resultó un excelente sustituto para los pasos intermedios de lavado, reduciendo el uso de acetonitrilo hasta un 90%. El desarrollo de este trabajo fue sometido a BioTechniques y aceptado para su publicación. Por otra parte, se concluyó y publicó la estrategia de mutagénesis denominada TrimerDimer, consistente en ensamblar oligonucleótidos degenerados que carecen de codones redundantes y codones de paro. El método se valoró en la región del cromóforo de la proteína verde fluorescente (GFP), recuperando dos mutantes funcionales con propiedades fluorescentes distintas a la proteína silvestre. Por tanto, esta tecnología es ahora viable para aplicarla a estudios de evolución dirigida enfocada a un sitio proteico.

Dr. Ruben Paul Gaytan
Jefe Operativo de la U. de Síntesis y Secuenciación de ADN
Técnico Académico
Q.I. Santiago Becerra
Técnico Académico
M.C. Eugenio Lopez
Técnico Académico
M.C. Jorge Arturo Yanez
Técnico Académico
Biol. Ana Yanci Alarcon
Servicios profesionales
Ivan Bello
Estudiante
Biol. Dulce Jared Jaime
Estudiante
Carol Martínez .
Estudiante
Oskar Rivera
Estudiante
Lic. Abigail Adriana Roldan
Servicios profesionales
Biol. Jose Daniel Balon
Servicio Social
Maria Isabel Cruz
Servicio Social



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