Instituto de Biotecnologia UNAM

Unidad de Síntesis y Secuenciación de ADN

www.ibt.unam.mx/sintesis

La Unidad de Sntesis y Secuenciacin de DNA (USSDNA) es responsable del ensamble de oligonucletidos y de secuenciar, en forma automatizada, muestras de DNA para miembros del Instituto de Biotecnologa y en general para cualquier institucin pblica o privada. En 2009, solicitaron nuestros servicios 15 dependencias de la UNAM, 56 dependencias externas a la UNAM y 12 empresas privadas.
UNAM: Centro de Ciencias Fsicas, Centro de Ciencias Genmicas, Centro de Investigacin en Ecosistemas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Facultad de Medicina, Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Facultad de Qumica, Instituto de Biologa, Instituto de Ciencias del Mar y Limnologa, Instituto de Ecologa, Instituto de Fisiologa Celular, Instituto de Investigaciones Biomdicas, Instituto de Neurobiologa, Instituto de Qumica, Unidad Multidisciplinaria de Docencia e Investigacin en SISAL, Yucatn EXTERNAS: Centro de Investigaciones Cientficas de Yucatn, Centro de Investigacin y Asistencia en Tecnologa del Edo. Jalisco, Centro de Investigacin Cientfica y de Educacin Superior de Ensenada, Centro Mdico Nacional del IMSS, Colegio de Postgraduados, Hospital Infantil de Mxico "Federico Gmez", Instituto de Ciencia y Tecnologa del Distrito Federal, Instituto de Oftalmologa Conde de Valenciana, Instituto Estatal de Cancerologa en Acapulco, Instituto Nacional de Ciencias Mdicas y de la Nutricin Salvador Zubirn, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias, Instituto Nacional de Investigaciones Nucleares, Instituto Nacional de Pediatra, Instituto Nacional de Psiquiatra, Instituto Tecnolgico de Estudios Superiores Monterrey, Instituto Tecnolgico de Mrida, Instituto Tecnolgico de Veracruz, Universidad Autnoma de Campeche, Universidad Autnoma de Chapingo, Universidad Autnoma de Ciudad Jurez, Universidad Autnoma de Coahuila, Universidad Autnoma de la Ciudad de Mxico, Universidad Autnoma de Quertaro, Universidad Autnoma de Tamaulipas, Universidad Jurez del Estado de Durango, Universidad Michoacana de San Nicols de Hidalgo, Universidad Politcnica del Estado de Morelos, Universidad Tcnica Particular de Loja, Universidad Veracruzana, Benemrita Universidad Autnoma de Puebla (Centro de Investigaciones en Ciencias Microbiolgicas, Instituto de Fisiologa), Instituto Nacional de Investigaciones Forestales , Agrcolas y Pecuarias (Centro Nacional de Servicios de Constatacin de Salud Animal, Centro Nacional de Investigaciones Disciplinarias en Microbiologa, Centro Nacional de Investigaciones Disciplinarias en Parasitologa Veterinaria), Instituto Nacional de Salud Pblica (Centro de Investigacin Sobre Enfermedades Infecciosas, Centro Regional de Investigacin en Salud Pblica de Tapachula), Instituto Politcnico Nacional (Centro de Investigacin en Biotecnologa Aplicada, Centro Interdisciplinario de Investigacin para el Desarrollo Integral Regional Unidad Durango, Centro de Investigacin y de Estudios Avanzados : Unidad Zacatenco, Escuela Nacional de Ciencias Biolgicas, Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnologa), Universidad Autnoma del Estado de Morelos (Centro de Investigacin en Biotecnologa, Campus Oriente, Facultad de Ciencias, Facultad de Farmacia, Facultad de Medicina), Universidad Autnoma Metropolitana (Unidad Cuajimalpa y Unidad Iztapalapa), Universidad Autnoma de Nuevo Len (Facultad de Ciencias Biolgicas, Facultad de Qumica, Facultad de Medicina), Universidad de Colima (Facultad de Ciencias Biolgicas y Agropecuarias, Facultad de Ciencias Qumicas, Facultad de Medicina), Universidad de Guadalajara (Centro Universitario de Ciencias Biolgicas y Agropecuarias, Instituto de Enfermedades Crnico Degenerativas).
EMPRESAS PRIVADAS: Anlisis Ambientales S.A. de C.V., Avimex S.A. de C.V., Biorganik S.A. de C.V., Biokrone S.A. de C.V., Consejo Regulador del Tequila, A.C., Grupo Integral de Servicios Fitosanitarios ENA, Laboratorios Diagnstica S.A. de C.V., Laboratorio de Biologa Molecular Aplicada.
En 2009 se sintetizaron 6989 oligonucletidos, creciendo la produccin 10.6% con respecto a 2008, a pesar de la crisis econmica mundial que impact fuertemente a Mxico. Esta labor requiri el acoplamiento de 179222 nucletidos a travs de tres sintetizadores automatizados de DNA, promediando oligos de 25-26 bases. El 48.6% de la produccin total correspondi a instituciones externas. En lo referente al servicio de secuenciacin de DNA, en 2009 se secuenciaron 13032 muestras, creciendo el servicio 21.5% con respecto a 2008. 37.4% de las muestras correspondieron a Instituciones externas. En promedio las muestras analizadas permitieron leer 850 bases y el tiempo de respuesta se mantuvo en 2 das. En la parte de investigacin metodolgica, se sustituy el acetonitrilo usado universalmente en la sntesis de oligonucletidos por acetona, la cual es un disolvente ms comn, seguro, econmico y accesible. Esta modificacin al protocolo establecido fue estrictamente necesaria porque a inicios de 2009 el suministr mundial de acetonitrilo se desplom, incrementndose su precio en Mxico hasta 1000%. Este hecho puso en riesgo la produccin de oligonucletidos en Mxico de manera ordinaria, porque implicaba incrementar los precios de los productos finales. Afortunadamente, la acetona result un excelente sustituto para los pasos intermedios de lavado, reduciendo el uso de acetonitrilo hasta un 90%. El desarrollo de este trabajo fue sometido a BioTechniques y aceptado para su publicacin. Por otra parte, se concluy y public la estrategia de mutagnesis denominada TrimerDimer, consistente en ensamblar oligonucletidos degenerados que carecen de codones redundantes y codones de paro. El mtodo se valor en la regin del cromforo de la protena verde fluorescente (GFP), recuperando dos mutantes funcionales con propiedades fluorescentes distintas a la protena silvestre. Por tanto, esta tecnologa es ahora viable para aplicarla a estudios de evolucin dirigida enfocada a un sitio proteico.

Dr. Ruben Paul Gaytan
Jefe Operativo de la U. de Sntesis y Secuenciacin de ADN
Tcnico Acadmico
Q.I. Santiago Becerra
Tcnico Acadmico
M.C. Eugenio Lopez
Tcnico Acadmico
M.C. Jorge Arturo Yanez
Tcnico Acadmico
Biol. Ana Yanci Alarcon
Servicios profesionales
Ivan Bello
Estudiante
Biol. Dulce Jared Jaime
Estudiante
Carol Martnez .
Estudiante
Oskar Rivera
Estudiante
Lic. Abigail Adriana Roldan
Servicios profesionales
Lic. Samuel Sotelo .
Estudiante
Biol. Victor Manuel Villalva
Estudiante
Biol. Jose Daniel Balon
Servicio Social
Maria Isabel Cruz .
Servicio Social



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