Instituto de Biotecnologia UNAM

Universitaria de Secuenciación Masiva de ADN

www.uusmd.unam.mx

La Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de DNA (UUSMD) fue creada en la primera mitad del año 2009 a instancias de la Coordinación de la Investigación Científica y del Instituto de Biotecnología y con la participación de los Institutos de Neurobiología y de Investigaciones Biomédicas, las Facultades de Química y Medicina y el Centro de Ciencias Genómicas, todas ellas dependencias de la UNAM. Este consorcio adquirió un equipo de secuenciación masiva de última generación, el Genome Analyzer GAIIx a la compañía Illumina, Inc. El equipo para la preparación y secuenciación de muestras consta del Genome Analyzer GAIIx, la estación para la generación de clusters y el módulo de paired-end, este último para realizar lecturas dobles. Con este equipo es posible generar millones de secuencias cortas de 36 hasta poco más de 100 bases de longitud en paralelo, lo que permite la secuenciación por ejemplo de un genoma humano en una reiteración de 5 a 6 veces en solamente una corrida de aproximadamente 10 días.

El equipo se instaló en el área en donde residía la Unidad de Proteómica del Instituto por lo que hubo la necesidad de re-acondicionar el sitio y de adquirir equipo adicional necesario para el buen funcionamiento. La Unidad de Secuenciación se equipó de manera particular con un dispositivo de electroforesis en capilar de la compañía Agilent Technologies, el Bioanalyzer 2100. Con este dispositivo es posible cuantificar de manera muy precisa la concentración y el tamaño en pares de bases de las librerías construidas para secuenciar, factores ambos que son cruciales para obtener buenos resultados. Se adquirieron además centrífugas de mesa, así como una campana de bioseguridad tipo II y equipo menor necesario para la preparación de las muestras para secuenciar. La instalación y el entrenamiento del personal a cargo de la Unidad corrió a cargo de la compañía Illumina.

La UUSMD comenzó a operar de manera definitiva a principios del mes de julio del 2009, desde entonces y hasta la fecha (junio de 2010) se han secuenciado un total de 77 muestras diferentes en 11 corridas. El origen de estas muestras ha sido muy variado, desde virus y bacterias hasta organismos más complejos como plantas y humano. Las aplicaciones que han utilizado en estas 11 corridas son: re-secuenciación de genomas virales y bacterianos, secuenciación de transcriptomas bacterianos, identificación de extremos 5' bacterianos y secuenciación de RNA's pequeños de plantas y humanos. En este primer año de actividad la UUSMD ha dado servicio a investigadores de instituciones dependientes de la UNAM así como a dependencias del gobierno federal. A la fecha hemos logrado secuenciar en números redondos más de 74 mil millones de pares de bases y esperamos que en este año con la difusión que pretendemos darle a la UUSMD y a la optimización de los protocolos para la construcción de las librerías cuadripliquemos cuando menos esa cantidad de bases secuenciadas.

Gloria Tanahiry Vazquez
Estancia Temporal
Dr. Ricardo Alfredo Grande
Técnico Académico
M.C. Veronica Jimenez
Técnico Académico



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