Instituto de Biotecnologia UNAM

Grupo del Dr. Adrian Ochoa

Metagenómica y metatranscriptómica de comunidades microbianas complejas.

El desequilibrio de la comunidad microbiana que conforma el microbioma intestinal humano tiene una fuerte relación con el desarrollo de diversas enfermedades como la obesidad. Sin embargo, aunque el análisis metagenómico (basado principalmente en el estudio del ADN ribosomal 16S) ha revelado la posible relevancia funcional de los microorganismos que componen este microbioma, se desconoce cómo este potencial se traduce en la actividad metabólica, medida por la expresión de los genes de los microorganismos presentes en su conjunto y a la vez cómo se asocia con distintas enfermedades humanas como la obesidad. En nuestro grupo estamos estudiando el papel funcional que tiene la comunidad de microorganismos en diferentes microbiomas humanos asociados a enfermedades como la obesidad, usando enfoques de metagenómica, metatranscriptómica y virómica. Parte de nuestros estudios se llevan a cabo mediante la secuenciación total del ADN, del ARN y de las partículas virales presentes en las muestras de microbiomas. Uno de los objetivos principales de nuestro trabajo es identificar vías candidato para nuevos blancos terapéuticos. Además, también estamos realizando estudios metagenómicos de muestras ambientales combinando información de secuenciación del ADN ribosomal 16S (amplificando distintas regiones de dicho gen y utilizando diversas plataformas de secuenciación) con secuenciación del ADN total de la misma muestra (shotgun) y con ello estudiamos el papel que la comunidad microbiana juega en el desarrollo de enfermedades de distintos organismos de interés para el sector productivo del país.

Desarrollo de estrategias experimentales para la secuenciación de alta cobertura de metagenomas y metatranscriptomas.

En nuestro grupo estamos desarrollando diversas estrategias experimentales para la eliminación del ADN del hospedero de microbiomas de diferentes muestras biológicas, lo cual nos ha permitido estudiar con un menor costo de secuenciación los microorganismos presentes a nivel ADN y entender cuáles de ellos están activos a nivel de ARN, esto debido a la eliminación del material genético del hospedero en la muestra del microbioma analizado. Esto nos permitirá estudiar con mayor profundidad la interacción funcional hospedero-microbioma de distintos nichos ecológicos.

Metatranscriptómica como fuente de proteínas de interés biomédico y biotecnológico.

Estamos interesados en el estudio de la relación estructura-función de proteínas de interés biomédico y biotecnológico descubiertas por nuestros enfoques metatranscriptómicos tanto en microbiomas humanos como ambientales. Los análisis los llevamos a cabo mediante la utilización de ensayos bioquímicos y herramientas de biología estructural que nos permitan entender a nivel molecular el papel funcional que estas proteínas tienen dentro del microbioma analizado.

Dr. Adrian Ochoa
Investigador
Dr. Gamaliel López
Postdoctoral
Biól. Filiberto Sanchez
Técnico Académico
Shirley Bikel
Estudiante
Lic. Andrea Casas
Estudiante
Biol. Melany Josheline Cervantes
Estudiante
Maria Fernanda Cornejo
Estudiante
Q. Edgar Axel Donjuan
Estudiante
Biol. Luigui Michel Gallardo
Estudiante
Lic. Erika Iliana Griss
Estudiante
Itzel Abigail Hernández
Estudiante
Q.F.B. Miriam Leonardo
Estudiante
Ing. Juan Pablo Ochoa
Estudiante
Karina Jazmín Osorio
Estudiante
Biol. Isabel Rosas
Estudiante
Lic. Valeria Sandoval
Estudiante


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