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PREGUNTAS FRECUENTES

1) ¿Cómo debo preparar mi muestra para enviarla?

Para la identificacón, secuenciación parcial y determinación de modificaciones postraduccionales de proteínas por LC-MS/MS en general se aislan las proteínas a través de geles bidimensionales. Los geles bidimensionales son los más indicados porque separan las proteínas por punto isoeléctrico y peso molecular. Es importante que la proteína esté en forma homogénea, pues si es una mezcla, probablemente se identificará un conjunto de proteínas y el usuario no podrá diferenciar cual es su proteína funcional. Otro factor importante es que los geles estén libres de contaminación con queratina humana, que produce péptidos trípticos con una gran capacidad de ionización y pueden suprimir la ionización de la muestra. Para eso el usuario debe preparar soluciones, reactivos, solventes y acrilamida sin queratina y no exponer el gel durante su preparación a corrientes de aire en el laboratorio. Cuando el gel esté listo, puede traerlo personalmente a la unidad o identificar las bandas de interés y recortarlas del gel. Las piezas de gel se depositan en un tubo de Ependorf químicamente limpio, se adicionan 50 microlitros de agua Milli-Q y se envían a nuestra Unidad, no hay necesidad de adicionar amortiguadores, solventes o cualquier otro tipo de líquidos o reactivos. Los geles deben ser teñidos preferencialmente con azul de Coomassie, que permiten la visualización de proteínas con cantidades adecuadas para análisis por Espectrometría de masas. El envío de muestras aisladas de geles deberá ser acompañado por una copia de la imagen del gel vía eletrónica o en papel simple con la solicitud de servicios. Las muestras para identificación, secuenciación parcial y determinación de modificaciones postraduccionales aisladas por cromatografía líquida, con o sin la presencia de sales, deben ser liofilizadas y enviadas a nuestra unidad en tubos Ependorf. Para la determinación de pesos moleculares las muestras deben ser preferentemente aisladas por cromatografía líquidas y secas. Recomendamos que el usuario envíe sus muestras en ausencia de los siguientes contaminantes: azida de sodio, glicerol, DMSO, SDS, fosfatos y NaCl.


2) ¿Qué cantidad de material debo enviar?

La cantidad de material depende del tipo de servicio solicitado. Sin embargo, 100 picomoles es una cantidad de material suficiente para casi todos los tipos de análisis realizados. Si tiene dificultad en hacer las conversiones entre peso y número de moles, visite el sitio (www.molbiol.ru/eng/scripts/01_04.html). Obviamente en el servicio de identificación de proteínas que involucra varios procesos de modificaciones químicas "in gel", desalado con Tips C18 y redisolución de los péptidos en la solución adecuada para la inyección en el sistema LC-MS, se pierde una cantidad considerable de material, lo que no ocurre en las determinaciones de masas moleculares. Por lo tanto, la cantidad de material que se requiere es distinta.


3) ¿En cuánto tiempo me enviarán los resultados?

El tiempo para la entrega de los resultados depende del tipo de servicio solicitado, del número de muestras y de los servicios, solicitados por otros usuarios, que estén en lista de espera. Sin embargo, en la siguiente tabla se muestran los tiempos estimados para cada tipo de análisis.

Servicio Nº de muestras Tiempo estimado
(días hábiles)
Separación de mezclas de péptidos por HPLC Menos de 2 muestras 5 días
*Determinación de puentes de disulfuro Sin tiempo estimado
Identificación de proteínas conocidas Menos de 5 muestras 15 días
Identificación de proteínas desconocidas Menos de 5 muestras 20 días
Determinación de pesos moleculares Menos de 5 muestras 10 días
Secuenciación de péptidos (<2kDa) Menos de 5 muestras 15 días
*Determinación de modificaciones postraduccionales Sin tiempo estimado
*Proteómas por MudPit y Shotgun Sin tiempo estimado
*Para estos tipos de servicio favor de comunicarse directamente con el Dr. Cesar Batista Obs. Los tiempos empiezan a correr a partir del momento en que se recibe la muestra en la Unidad de Proteómica.

4) ¿Cómo realizo el pago de los servicios?

El pago total se realizará a nombre de la Universidad Nacional Autónoma de México en una cuenta de Bancomer que se le enviará en el informe final de los resultados obtenidos. Es obligación del usuario enviar una copia de la ficha de depósito efectuado (escaneado) a la dirección electrónica de la UPro (upro@ibt.unam.mx) para la emisión de la factura original que será enviada a la dirección del usuario. Es obligatorio llenar los datos completos del usuario para la emisión de la factura en la forma de solicitud de servicios . Es importante aclarar que los servicios efectuados que originen un resultado negativo debido: i) insuficiente cantidad de material enviado por el usuario; ii) muestras que no son de naturaleza protéica, excepto las que fueren notificadas por el usuario; 3) muestras completamente degradadas y; 4) mezclas complejas que deberían estar en estado homogéneo, también serán cobradas en su valor correspondiente.

 

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