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Manual Operativo del Laboratorio Universitario de Proteómica

1.- Misión y visión del Laboratorio

Debido al alto costo para el establecimiento de un laboratorio de espectrometría de masas para análisis de proteínas, al nivel de especialización técnica de sus integrantes, y al incremento porgresivo de la demanda de este tipo de análisis, tanto por la comunidad académica como industrial, en el mes de junio del 2005, se creó la Unidad de Proteómica en el Instituto de Biotecnología-UNAM, con la siguiente misión:

  • Prestar servicios de alta calidad a la comunidad científica y al sector productivo nacional, en el área de identificación y caracterización de proteínas.

  • Contribuir al fortalecimiento de la investigación que desarrolla la comunidad académica del IBT mediante el servicio de caracterización estructural de proteínas por espectrometría de masas.

  • Formar recursos humanos con una alta capacitación técnico-científica en el área de análisis proteómico basado en espectrometría de masas.

NOTA: Considerando que la mayor parte del apoyo para la adquisición de los equipos más importantes de la Unidad provino de la Coordinación de la Investigación Científica y de la Rectoría, La Unidad de Proteómica del Instituto de Biotecnología se convirtió en el 2010 en el Laboratorio Universitario de Proteómica (LUP).

El LUP tiene la meta de llegar a ser un laboratorio de servicios de espectrometría de masas de reconocida calidad tanto a nivel nacional como internacional. Así también, ser considerados como un laboratorio de referencia tecnológica en el área de espectrometría de masas/proteómica tanto para los laboratorios de otras instituciones que ya se iniciaron en esta área, como para aquellos que se formen próximamente. Con ello pretendemos poner al alcance de la comunidad científica herramientas tecnológicas de punta (espectrómetros de masas de alta resolución) y metodologías optimizadas que generen servicios de alta calidad.


2.-Objetivos

2.1. Prestar servicios de análisis de proteínas por espectrometría de masas tanto a la comunidad científica, como al sector productivo nacional.

2.2. Desarrollar y optimizar métodos para análisis proteómico.

2.3. Formar recursos humanos con una alta capacitación técnico-científica en el área de proteómica basada en espectrometría de masas.


3.- Miembros del comité técnico.

  • Dr. Carlos Federico Arias Ortiz (Responsable del Laboratorio)
  • Dr. Lourival Domingos Possani Postay
  • Dra. Alejandra Alicia Covarrubias Robles
  • Dr. Tomas López
  • Dr. Cesar Vicente Ferreira Batista (Jefe Operativo del Laboratorio)

4.-Personal del Laboratorio

1. Dr. Cesar Vicente Ferreira Batista (Investigador Titular B, - Jefe Operativo del Laboratorio)
2. Biol. Erika Patricia Meneses Romero (Técnico académico Asociado C, obra determinada)
3. Q.I. Lorena Hernández Orihuela (técnico académico Asociado C, obra determinada)


5.- Infraestructura

El Laboratorio se encuentra localizado en el tercer nivel del Edificio Norte, en una superficie aproximada de 70 m2. El equipo con que cuenta es:

  • Tres espectrómetros de masas en funcionamiento (i) LTQ-ETD, (ii) Orbitrap-XL y (iii) Orbitrap Velos. Todos de la compañía Thermo Scientific
  • Dos sistemas Accela de micro flujo (UPLC)
  • HPLC Agilent Serie 1200
  • Digestor automático de proteínas
  • SpeedVac Savant
  • Cortador de geles automático
  • Congelador y refrigerador
  • Balanza analítica
  • ThermoBlock
  • Micro-centrífuga

6.-Servicios que presta el Laboratorio

  1. Determinación de masas moleculares
  2. Identificación de proteínas por LC-MS/MS
  3. Secuenciación "de novo" de péptidos y proteínas
  4. Separación y aislamiento de proteínas y péptidos por cromatografía líquida
    de alta eficiencia
  5. Determinación y caracterización de puentes de disulfuro
  6. Caracterización de C-terminales amidados
  7. Caracterización de N-terminales bloqueados
  8. Cuantificación relativa de la expresión diferencial de proteínas por iTRAQ
  9. Determinación y caracterización de modificaciones postraduccionales
  10. Identificación masiva de mezclas complejas de proteínas en extractos celulares, fluidos humanos y productos lácteos
  11. Caracterización de proteomas y fosfoproteomas

7.-Procedimiento

El procedimiento para someter muestras está claramente indicado en la página WEB del Laboratorio de Proteómica (http://www.ibt.unam.mx/proteomica/). El usuario debe llenar la solicitud de servicio, la cual debe ser firmada por los jefes de grupo o directores de compañías privadas. Las muestras pueden ser entregadas personalmente en el Laboratorio o ser enviadas vía paquetería.


8.-Costos

Precios de los servicios
  Determinación de Masas Moleculares Identificación de Proteínas Secuenciación de novo
Usuario Péptidos Proteínas   Péptidos mayor a 9 residuos Parcial de Proteínas*
UNAM $ 300 ($300) $ 450 ($400) $ 1,300 ($1,000) $ 1,000 $ 3,500 ($3,000)
Instituciones
no lucrativas
$ 400 ($350) $ 550 ($450) $ 2,000 ($1,700) $ 1,500 $ 4,000 ($3,500)
Lucrativas $ 600 ($500) $700 ($600) $ 3,000 ($2,200) $ 2,500 $ 6,000 ($5,000)

Los precios entre paréntesis aplican para más de 10 muestras

*Para más de cinco péptidos: $500.00 por péptido adicional secuenciado

Para el envío de la Factura Original por paquetería se cobrarán $200 pesos adicionales

NOTA: Para obtener el precio de otros tipos de servicios ofrecidos es necesario comunicarse con el jefe operativo del LUP (fbatista@ibt.unam.mx; tels. 777+3291679).


9.-Horario del servicio

El LUP opera regularmente de lunes a viernes de las 8:00 a las 18:00 h. Sin embargo, el horario para recibir las muestras en el Laboratorio es de las 8:00 a las 14:00 h.


10.-Seguimiento de la orden de servicio por el investigador.

La información sobre el estatus de un análisis solicitado puede darse a los usuarios vía teléfono o correo electrónico.


INFORMACION GENERAL SOBRE LA OPERACIÓN

Sobre servicios y prioridades

El Laboratorio Universitario de proteómica ofrece una diversa gama de servicios analíticos de proteínas apoyada en la versatilidad de la infraestructura de equipamiento con la que cuenta. Muchos de estos servicios requieren una estrecha interacción técnico-científico con el usuario para determinar la mejor estrategia analítica a utilizar.

La prioridad de los análisis será, en todos los casos, para las muestras enviadas por los grupos de investigación del Instituto de Biotecnología y de otras entidades académicas de la UNAM. Los análisis solicitados por usuarios externos (otras instituciones de investigación y compañías privadas) estarán sujetos a la evaluación por el Jefe Operativo y/o el Comité Técnico del Laboratorio sobre la factibilidad de llevarlo a cabo y la definición del tiempo de entrega de los resultados. Lo anterior es con el objeto de no saturar la infraestructura analítica del Laboratorio, durante periodos largos, con solicitudes de usuarios externos.

El único servicio abierto para toda la comunidad científica de la República que no requiere autorización previa por el Jefe Operativo o el Comité Técnico, es la identificación de proteínas.

El servicio más solicitado al LUP es la identificación de proteínas. Para este tipo de servicio no es necesario información adicional a aquella requerida en la solicitud de servicios disponible en diferentes formatos en la página del LUP (www.ibt.unam.mx/proteomica). Para información adicional sobre los servicios ofrecidos por el Laboratorio de Proteómica consultar "servicios" en la página web del Laboratorio, y para informaciones referentes a la preparación de las muestras para el análisis, favor dirigirse a "preguntas frecuentes", en el mismo sitio.

Los protocolos de análisis realizados por el LUP están automatizados con un mínimo de intervención humana. Más de 95% de los análisis no exitosos realizados por el LUP en los últimos cinco años fueron debido a la baja calidad de las muestras sometidas. En la página Web del LUP el usuario podrá encontrar la sección "resolución de problemas". La colaboración del usuario es fundamental para la obtención de resultados positivos.


Sobre el informe técnico de los resultados

Los resultados serán enviados por correo electrónico en el formato ofrecido por los programas de búsqueda y análisis automático de los datos espectrométricos.

No se proporcionará en el informe discusión científica en relación a los resultados obtenidos.

Los materiales y métodos utilizados para los análisis serán ofrecidos al usuario de forma concisa en español. No se harán descripciones más amplias de los mismos para inserción en tesis o versiones en inglés para publicación.

El informe técnico de los resultados tendrá un desglose de los servicios realizados, con los respectivos costos.


Sobre el pago de los análisis

El pago por los servicios realizados será obligatorio e independiente del resultado obtenido.

En el informe técnico se proporcionará al usuario toda la información para efectuar el depósito bancario (externos); el envío de la copia de la ficha de depósito escaneada es obligatorio. Para los usuarios de IBT las formas de transferencia de presupuesto serán proporcionados por el personal del Laboratorio de Proteómica.

Los usuarios externos deben efectuar el depósito bancario en un plazo de dos semanas después del envío del informe técnico con los resultados.

En el caso de que el pago no sea efectuado dentro del plazo estipulado, es obligación del usuario contactar al LUP para aclarar el incumplimiento contractual, el cual se genera legalmente en la solicitud de servicios cuando ésta es firmada por el responsable del laboratorio o compañía privada.

El incumplimiento tendrá las repercusiones legales inherentes y se suspenderá el servicio al laboratorio que incurra en ello hasta que la situación sea resuelta.


Sobre las visitas al Laboratorio Universitario de Proteómica

Para visitas de cualquier naturaleza por investigadores del IBT, visitantes nacionales o extranjeros, vendedores, alumnos y otros, se deberá realizar cita previa por correo electrónico o teléfono.

La entrega directa de muestras por parte de los usuarios, así como las visitas del personal administrativo se realizará en áreas limitadas del laboratorio.

La restricción al ingreso de personal ajeno al laboratorio es debido a: (i) contaminación con queratina humana, (ii) prevención de accidentes con las fuentes de ionización y, (iii) seguridad. Se recomienda a los investigadores y alumnos del IBT que hagan sus peticiones referentes a informaciones técnicas adicionales, aclaración de dudas, críticas y sugerencias vía correo electrónico o teléfono.


Sobre el uso de los equipos del Laboratorio Universitario de Proteómica

El uso de los equipos del LUP será realizado únicamente por técnicos e investigadores del Laboratorio.

Se podrán hacer excepciones para investigadores del IBT con comprobada experiencia en el uso de un determinado equipo, el cual se autorizará a través de cita previa.


Sobre los préstamos de equipos e instrumental

No se autoriza, bajo ninguna circunstancia, el préstamo de equipos e instrumental del Laboratorio de Proteómica. Los préstamos de reactivos, enzimas y solventes se permiten solamente con la autorización expresa del jefe operativo del Laboratorio.

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